ППЗ мають реальні переваги в порівнянні з паперовими носіями інформації, або навіть з електронними книгами.

1. Найбільша перевага цього освітнього продукту полягає в тому, що це не звичайний електронний підручник на електронному носії, а цілісна програма, яка поєднує теоретичні та практичні питання, віртуальні лабораторні роботи та практикуми, має електронний журнал успішності, конструктор уроків, комп’ютерні анімації фізико-хімічних процесів, інтерактивні і тестові завдання та багато інших можливостей.

2. ППЗ є не тільки економічно вигідними, але і зрозумілішими для сучасної молоді, робота з ППЗ активізує самостійне мислення учнів.

3. З розвитком науки й техніки навчальна інформація може змінюватись швидкими темпами, тому використання саме інтернет-орієнтованих електронних підручників дає ще одну перевагу — їх легко оновлювати, не зазнаючи при цьому істотних витрат.

4. ППЗ передбачають велику кількість і високу якість ілюстративних матеріалів (рисунків, графіків, карт, схем, фотографій, відеофрагментів, звукових рядів, інтерактивних моделей, тренажерів, 2D-, 3D-анімацій та ін.), що сприяє високому рівню ефективності навчання.

5. ППЗ дозволяють об'єктивно та достовірно визначати рівні навчальних досягнень учнів за допомогою різноманітних багаторівневих тестів, завдань, тренажерів.

6. Ефективність роботи викладача підвищується, збільшується складова творчої роботи. Викладач може доповнювати, модифікувати, корегувати підручник з урахуванням вікових, психологічних, соціальних і регіональних умов.

7. ППЗ надає можливість організувати віртуальну лабораторну роботу, яку з тих чи інших причин неможливо провести в реальній обстановці.

8. Індивідуальний темп навчання — і це не тільки «індивідуалізація» за часом, оскільки навчання за класно-урочною системою підпорядковано жорстким часовим рамкам, але і варіантність розгорнення навчального матеріалу, врахування типу пам’яті, темпераменту і мислення учня.

Методичні цілі, що найбільш ефективно реалізуються з використанням ПЗ:

1. Індивідуалізація і диференціація процесу навчання (наприклад, за рахунок можливості поетапного просування до цілі лініями різного ступеня складності і труднощів;

2. Здійснення контролю зі зворотним зв'язком, із діагностикою помилок (констатація причин помилкових дій того, кого навчають, і подання на екрані комп'ютера відповідних коментарів), результатів навчання і оцінкою результатів навчальної діяльності;

3. Здійснення самоконтролю і самокорекції;

4. Здійснення тренування в процесі засвоєння навчального матеріалу і самопідготовки учнів;

5. Звільнення навчального часу за рахунок виконання на ЕОМ трудомістких обчислювальних робіт і діяльності, пов'язаної з числовим аналізом;

6. Комп'ютерна візуалізація навчальної інформації: по-перше, досліджуваного об'єкта (наочне подання на екрані ЕОМ об'єкта, його складових частин, або їх моделей, а при необхідності - у різних ракурсах, у деталях, із можливістю демонстрації внутрішніх взаємозв'язків складових частин); по-друге, досліджуваного процесу (наочне подання на екрані ЕОМ даного процесу або його моделі, у тому числі схованого у реальному світі, а при необхідності - у розвитку, у часі і просторовому русі, подання графічної інтерпретації досліджуваної закономірності):

7. Моделювання або імітація всіх досліджуваних об'єктів, процесів або явищ;

8. Проведення лабораторних робіт (наприклад, з фізики, хімії) в умовах імітації в комп'ютернійпрограмі реального дослідження або експерименту;

9. Створення і використання інформаційних баз даних, необхідних у навчальній діяльності, і забезпечення доступу до мережі інформації;

10. Посилення мотивації навчання (наприклад, за рахунок образотворчих засобів програми або вкраплення ігрових ситуацій);

11. Озброєння того, кого навчають, стратегією оптимального засвоєння навчального матеріалу;

12. Розвиток певного виду мислення (наприклад, наочно-образного, теоретичного, фізичного);

13. Формування вміння приймати оптимальне або варіативне рішення в складній ситуації;

14. Формування культури навчальної діяльності, інформаційної культури учня та вчителя.