В начале XVII века продолжился рост вотчин Успенского собора и в 1630-х годах размер достиг максимума. В это время царем Михаилом Федоровичем были пожалованы собору влодения во Владимирском уезде: села Овчухи и Чоково с деревенькой Васильевкой. Если во второй половине 20-х годов XVII века во владениях Успенского собора было только 53 двора, то после пожалований Михаила Федоровича, а также приобретения села Русавино в Московском уезде во второй половине 40-х годов в вотчинах числилось уже 160 дворов. К 70-м годам Успенские вотчины успели полностью оправиться от разорения и количество дворов в них достигло 253 (949 человек мужского пола).
Земельные владения собора были наделены значительными льготами. Первая жалованная грамота была дана еще в 1575 году Иваном Грозным. Борис Годунов в 1598 году дал новую жалованную грамоту. В 1605 году давал подобную грамоту Лжедмитрий I. По грамоте Михаила Федоровича от 1625 года крестьяне Успенского собора должны были платить почтовый налог, давать хлеб на содержание стрелецкой пехоты и принимать участие в построении и починке различных укреплений, от остальных пошлин они были освобождены. 19-го февраля 1654 г. в Успенском соборе был окрещен царевич Алексае, сын Алексея Михайловича. По этому случаю царь Алексей дал собору новую жалованную грамоту, освобождавшую крестьян от всех податей и вплоть до XVIII века Успенские крестьяне ничего не давали государству. Они знали только протопопа "с братией".
Крестьяне были также изъяты и из ведения общего суда и по всем вопросам (как гражданским так и уголовным) подлежали суду протопопа "с братией". В случае предъявления иска на самого протопопа или его приказчиков суд должен был вершить сам государь. По религиозным делам как сами священнослужители, так и их крестьяне судились патриархом.
Часть владений делилась причтом подворно, другая часть находилась в совместном владении (делился доход). При этом протопоп получал вдвое больше священника, а священник - вдвое больше дьякона. Протодьякон получал столько же, сколько священник, а ключарь, по всей видимости, в 1,5 раза больше священника.
Успенскому собору приходилось порой отстаивать свои владения. Так пустошью Гавшино, находившейся в Московском уезде завладел было думный дьяк Аверкий Кириллов. Он задумал, очевидно, сделать из этой пустоши свою подмосковную вотчину, воздвиг там различные жилые и хозяйственные постройки и разбил фруктовый сад. Но мечтам дьяка не дано было осуществиться: по челобитью протопопа Михаила "с братией" начался процесс и в сентябре 1684 г. упомянутая пустошь со всеми постройками и фруктовым садом была возвращена Успенскому собору.
Начиная с XVII века точно известен состав причта собора. Так в 1627 году причт составляли: протопоп, протодьякон, два ключаря, 5 попов, 5 дьяконов и 2 пономаря. (Для сравнения: причт Архангельского собора состоял из 14 священников, Благовещенского - из 11-ти). Священно- и церковнослужители трех приделов (Похвальского, Дмитриевского и Петропавловского) стояли особняком и назывались придельными, в отличие от соборных - собственно священников Успенского собора. Причт Дмитриевского придела включал в себя попа, дьякона, дьячка и пономаря, Петропавловского и Похвальского - попа, дьякона и дьячка, но уже в 1681 г. в книгах отмечается, что в Похвальском приделе нет ни попа, ни дьякона.
В обязанности ключарей входило хранение имущества собора (они принимали жертвуемые в собор вещи и книги), они были смотрителями соборного здания, следили за его целостностью и доносили о замеченных неисправностях. Ключари следили также за звонарями, с тем чтобы звонили во время и "по чину" и сторожами, которые обеспечивали сохранность, чистоту и порядок в здании. Ключаре ведали также подготовкой к службам (например устанавливали "пещь" для "пещного действа"). Кроме того в XVII веке ключари Успенского собора заведовали выдачей мира в различные церкви и сбором денег за него (деньги шли в патриаршью казну). В XVII веке в соборе было 16 сторожей. Сторож приблизительно до половины XVII века получал 1 р. в год, а после эта сумма была увеличина до 1 рубля 9 алтын 1 деньги в год. Кроме того раз в год сторожу давали деньги на рукавицы, раз в три года - 1 рубль на шубу и раз в несколько лет - 5 аршин сукна.
Если вотчины служили основой благосостояния причта, то все ремонты, поновления в соборе, а также расходные материалы для служб в XVII веке оплачивались из двух источников - Патриаршей (до 1589 г. Митрополичьей) казны и Государевой казны. Ладан выдавался из Государева казенного приказа в количестве двух пудов в год (с 1617 г. - один пуд в год). Из патриаршьего казенного приказа выдавались свечи и церковное вино. Причем до 1675 года свечные огарки поступали в пользу причта, но после стали отдаваться назад, в патриарший казенный приказ, где их перетапливали на свечи. За год огарков накапливалось порядочное количество (из 26 пудов огарков в 1682 г. было вылито воску 19,5 пудов). Просфоры до 1661 года пекла особая просвирня при самом соборе и только на Пасху и Троицу просфоры выдавались из Хлебенного Дворца. После 1661 года просфоры пекли в Чудовом монастыре. Цветы и душистые травы, которыми украшался крест, отпускались из царской аптеки.
К XVII веку уже стало ясно, что Большой Успенский собор Аристотеля Фиораванти, задуманный и выстроенный с использованием приемов западно-европейского строительного искусства, освобожденный от опор и многоярусных проемных связей, перекрытый сводами наилегчайшей конструкции не выдержал испытания временем. Облицованные белокаменными квадрами тонкие полутораметровые стены собора дали трещины и начали расходиться в верхних своих ярусах. Не спасли положение ни предусмотрительно заложенные Аристотелем в уровне пят сводов кованные внутристенные и проемные железные связи (их сечение оказалось недостаточным), ни изумившая современников небывалая (всего в один кирпич) тонкость крестовых сводов, перекрывавших к тому же самые большие для своего времени - 6х6 м - соборные компартименты. В 1624 году угрожавшие падением своды были разобраны "до единого кирпича" и вновь сложены с учетом образовавшихся в верхнем ярусе деформаций по измененному рисунку ("вспарушенной" конфигурации), с армированием их связным железом и с введенеим дополнительных подпружных арок.
Неоднократно в XVII проводились поновления росписей. В 1642-1643 году проводились обширные работы по восстановлению стенного письма. Работы проводила группа царских и "городовых" иконописцев под руководством Ивана Пасеина. Фрески согласно царскому указу повторяли живописные сюжеты 1513-1515 гг. Кроме того в соборе были устроены слюдяные двери с медными решетками. По окончании работ большая часть лиц, принимавших в них участие получили от царя щедрые подарки сукнами, соболями, серебряными кубками и ковшами. В 1660-х годах поновлялась живопись наружных стен: над алтарями, над северными и западными дверьми. В 1673 году под руководством Симона Ушакова были написаны вновь находившиеся над южными дверьми образа Спаса Нерукотворного и Пречистой Богородицы со святыми. В 1653 году были предприняты обширные работы по капитальному ремонту иконостаса. Возобновлена живопись, сделаны серебряные оклады на иконы и серебряные подсвечники.
Ремонтными работами 1620-х годов не удалось полностью исправить положение. Из-за неравномерной осадки фундаментов на протяжении всего XVII века западная стена собора находилась в аварийном состоянии. В 1683 году, после очередного большого пожара (к этому времени уже окончательно погибло в пламени белокаменное убранство барабанов, карнизы барабанов почти полностью осыпались) собор еще раз капитально ремонтируется. В нем заново "пробираются" стрелки сводов, а барабаны укрепляются связями "накрепко" и вычиниваются. Тогда же были сняты первоначальные архивольты - их заменили мелкопрофилированными кирпичными архивольтами, характерными для XVII века. Собор из противоаварийных соображений был связан в уровне пят сводов дополнительными связями.
Собор был свидетелем многих событий, особенно во время бурного начала XVII века. В 1605 г. восставшие москвичи, выступившие на стороне самозванца, разгромив дворы Годуновых, многих бояр, дворян и дьяков, ворвались в Успенский собор "со оружием и дреколием", как вспоминал впослед-ствии патриарх Иов, прервали богослужение и "извлекши его из алтаря,. по церкви и по площади таская позориша многими позоры". Лжедмитрий I, вступив в Москву, венчался в Успенском соборе на царство 21 июля 1605 г. патриархом Игнатием, сменившим Иова, отправленного в ссылку. В мае 1606 г. в Успенском соборе состоялось венчание самозванца с Мариной Мнишек. Маленькой ростом Марине сделали скамеечки, чтобы она могла прикладываться к образам. Поляки, приехавшие с ней в Москву и присутствовавшие на свадьбе, вели себя вызывающе. После избрания в 1606 г. на Красной площади Василия Шуйского его сторонниками царем он отправился в Успенский собор, где дал "крестоцеловальную запись" в том, что при нем не будет нарушений феодальноп законности, совершавшихся при Грозном и Годунове. "Крестоцеловальная запись" Шуйского, данная в торжественной обстановке Успенского собора, приобретала, по мнению Л. В. Черепнина, "характер обязательств, якобы взятых на себя верховным правителем перед народом". Другое шумное церковное выступление было организовано в Успенском соборе в связи с затянувшейся осадой Калуги, где укрылся после отступления от Москвы с остатками своего войска Болотников. Исход борьбы был еще неясен, и в Успенском соборе в присутствии царя, патриарха Гермогена, царского двора и московских жителей специально привезенный из Старицы бывший патриарх Иов освободил москвичей от прежних клятв, в том числе "царю Дмитрию", под лозунгом которого развивалось восстание.Пострадал собор и во время разорения Москвы польскими войсками и большим отрядом немецких наемников в 1611-1612 гг. Серебряные предметы из него пошли на изготовление денег для уплаты войску. К этому же времени относится и утрата золотой крышки раки митрополита Петра.
В XVII веке (а вероятно и ранее) дворы Успенских соборян были расположены в Кремле около Тайницких ворот. Земля, на которой были расположены дворы богородицких священнослужителей, принадлежала Успенскому собору, но сами строения, дворы, составляли частную собственность, принадлежали тем, кто там жил. Если какой-нибудь священнослужитель Успенского собора умирал, или почему-либо должен был выйти из состава его причта, то заместитель умершего или ушедшего приобретал его дом за ту цену, которую назначал протопоп с братией. С 1654 г. дворы Успенских соборян были "обелены" (освобождены от налогов), но в начале XVIII века Петр I, несмотря на свою жалованною грамоту, взимал с дворов "банные" деньги в размере 1 р. с каждой бани.
Сторожа и звонари Успенского собора жили вместе в Белом городе на Рождественской улице, в приходе у церкви Николая Чудотворца Божедомского, получившей прозвание "в Звонарях". В 1659 году там было 14 дворов, в 1703 г. - 16 дворов. Земля на которой стоял двор так же принадлежала собору, а двор должен был приобретаться преемником, устанавливалась ли цена принудительно или
