У Шедоу стали появляться смутные воспоминания о Марии Роботник. Пока он тщетно пытался что-нибудь вспомнить, на город Westopolis напали злобные существа, Black Arms. Перед Шедоу появилась голограмма их лидера, Блэк Дума, который узнал ежа и велел ему собирать Изумруды Хаоса. Шедоу решил, что раз Блэк Дум знает его, то чтобы узнать о своём прошлом, надо достать ему эти Изумруды.Блэк Дум велит Шедоу сражаться против людей на стороне Black Arms, и говорит о некоем “ритуале процветания”, для которого ему и нужны Изумруды Хаоса.
В конце игры, когда Блэк Дум заполучает Изумруды Хаоса, Шедоу и остальные выясняют, что они были нужны Блэк Думу, чтобы переместить Чёрную комету на Землю и захватить власть. По его словам, люди являются хорошим источником энергии для Black Arms, и они пытаются помешать людям уничтожить самих себя, установив свой порядок на планете. Однако, скорость Чёрной кометы была не достаточно высокой, чтобы проникнуть в атмосферу планеты. И из-за этого, Блэк Дум согласился помочь профессору Джеральду Роботнику закончить его проект, в обмен на то, что тот поможет собратьИзумруды Хаоса. Получившийся в результате ёж Шедоу должен был бы послужить им обоим.
Соник, Наклз и остальные попытались остановить Блэк Дума, но внезапно оказались парализованы.Black Arms использовали своё специальное оружие – газ, быстро проникающий в кровь и поражающий нервную систему. Но тут Шедоу, вспомнив слова Марии Роботник, вышел из под контроля газа и бросил вызов Блэк Думу. Не сумев переубедить ежа, Блэк Дум остановил Шедоу силой мысли, сказав, что тот был создан из его крови и постоянно находится под его контролем. Тем временем, детективная командаChaotix находит на колонии ARK запись Джеральда Роботника. Запись начала транслироваться в комете, где находился, обездвиженный Блэк Думом, Шедоу. Также её просматривают командир G.U.N. ипрезидент в крепости G.U.N. На записи Джеральд говорит о том, что допустил ошибку, выйдя на контакт с Чёрной кометой. Однако, он создал Эклипс-пушку, которая может уничтожить Чёрную комету. Джеральд просит Шедоу спасти планету, при этом, на плёнке появляется и Мария. Шедоу, услышав эту запись, вдруг выходит из под контроля Блэк Дума и нападает на него. Но Блэк Думисчезает, сказав ежу, что принимает вызов. Шедоу использует Изумруды Хаоса, оставленные Блэк Думом, и, превратившись в Супер Шедоу, вступает в финальную битву. Шедоу уничтожает Блэк Дума в битве, после чего уничтожает всю Чёрную комету с помощью Эклипс-пушки. В самом конце показано, как Шедоу выбрасывает старую фотографию с Джеральдом и Марией Роботник.
