Морфоген — сигнальная молекула, формирует паттерн в морфогенетическом поле, несёт позиционную информацию и оказывает влияние на клетки по концентрационному градиенту. Обычно это белок, который действует как транскрипционный фактор. К морфогенам относят многие секретируемые клетками белки, включая представителей различных семейств, в том числе Wnt и трансформирующего фактора роста (TGF). Название семейства Wnt происходит от англ. wingless — бескрылый и int — ген. Wnt был впервые открыт как протонкогенint1 (wingless and mouse mammary tumour virus integration site). Подобные белки связываются со своими рецепторами и активируют сигнальные каскады в клетках-мишенях, изменяя в них экспрессию специфических генов. Среди морфогенов, участвующих в индукции и спецификации, например мезодермы, упоминают активины, морфогенетические белки кости (BMP), факторы роста фибробластов (FGF). Градиенты морфогенов Sonichedgehog (Shh) и Indian hedgehog (Ihh) продемонстрированы в ходе развития зубов, нервной трубки и сомитов. Представление о концентрационном градиенте морфогена предполагает, во-первых, прямое действие морфогена на клетку-мишень и, во-вторых, зависимость ответа данной клетки от концентрации морфогена.
