Словарь используемых терминов

Агароза. Получаемый из агара линейный полисахарид, образованный из чередующихся остатков B-D-галактопиранозы и 3,6-ангидридо-α-1-галактопиранозы, объединённых 1 4 связью. Обладает ярко выраженным свойством к формированию гелей. Точка плавления — 95 °C, точка образования геля — 45 °C.

Аденин (A). Пуриновое основание, комплементарное тимину и урацилу. Одно из азотистых оснований, входящих в состав ДНК и РНК.

Адаптер. 1. С интетический двухцепочечный олигонуклеотид с одним тупым концом и одним липким. После пришивания адаптера тупым концом к ДНК-мишени последнюю можно встраивать в подходящий вектор, используя приобретенный ею липкий конец. 2. Синтетический одноцспочечный олигонуклеотид, у которого после самогибридизации появляются липкие концы и внутренний сайт для рестрицируюшей эндонуклеазы. Когда ацаптор встраивают в клонирующий вектор, у последнего появляется новый сайт рестрикции.

Амидофосфиты. Модифицированные нуклеозиды, содержащие активированные линкерные группы - новые мономеры для синтеза модифицированных олигонуклеотидов. Применяются для химического синтеза олигонуклеотидов.

Аминокислота. Мономерная единица белковых молекул.

Ампликон. Специфический продукт ПЦР, накапливающийся в реакционной смеси начиная со второго цикла. “Ампликоны” ограничены по длине двумя "праймерами”.

Амплификатор. Прибор для проведения полимеразной цепной реакции.

Амплификация. У величение числа копий участка ДНК в полимеразной цепной реакции.

Антибиотик. Вещество, синтезируемое одним микроорганизмом и оказывающее ингибирующее действие на другие микроорганизмы и раковые клетки.

Антиген. Вещество, воспринимаемое организмом как чужеродное и вызывающее специфический иммунный ответ — выработку антител.

Αнтипараллельная ориентация. Противоположная направленность (5'®3' и 3'®5' ) цепей в двухцепочечных молекулах нуклеиновых кислот.

Антитело. Белок (иммуноглобулин), синтезируемый B-лимфоцитами в ответ на попадание в организм различных антигенов и специфически с ними

Взаимодействующий.

Бактериофаг. Вирус, инфицирующий бактерии.

Библиотека кДНК. Коллекция клонов кДНК, синтезируемых in vitro на матрицах мРНК, происходящих из одной ткани или клеточной популяции.

Биотинное мечение. 1. Присоединение молекулы биотина к молекуле другого вещества. 2. Включение биотин содержащего нуклеотида в молекулу ДНК.

Блоттин г. Перенос разделенных молекул из одной среды (например, геля) на твердый носитель(бумагу, нитроцеллюлозный фильтр).

Брешь (пробел). Отсутствие одного или нескольких нуклеотидов в одной из цепей двухцепочечной ДНК.

Бромистый этидий. 3,8-Диамино-5-этил-6-фенилфенантридиум бромид, EtBr, Ethidium bromide — интеркалирующий агент, широко применяемый для выявления нуклеиновых кислот в молекулярной биологии, в частности, в случае ДНК электрофореза в агарозном геле.

Вектор (генетический). Самореплицирующаяся молекула ДНК (например, бактериальная плазмида), используемая в генной инженерии для переноса генов от организма-донора в организм-реципиент, а также для клонирования нуклеотидных последовательностей.

Вставка ДНК. Сегмент ДНК, встроенный в клонирующий вектор.

Вторые антитела. Антитела к комплексу “антиген-первое антитело”. Как правило, вторые антитела коньюгированы с одним из компонентов системы детекции получаемого комплекса “антиген-первое антитело-второе антитело”, например – ферментом. Последний способствует образованию в среде хромогенного продукта, который позволяет визуализировать указанный комплекс.

Ген. Транскрибируемый участок хромосомы,кодирующий функциональный белок либо тРНК или рРНК.

Генетический код. Система записи генетической информации в виде последовательности нуклеотидов, в которой каждые три нуклеотида, составляющие кодон, кодируют одну аминокислоту или являются сигналом остановки процесса синтеза полипептида. Состоит из 64 кодонов, кодирующих все 20 аминокислот и три терминирующих кодона.

Ген-мишень. l. Клонированный ген. 2. Ген, подвергаемый специфическому воздействию. 3. Ген, интересующий исследователя.

Геномная библиотека (банк или библиотека генов). Набор клонированных фрагментов ДНК, в совокупности составляющих индивидуальный (групповой, видовой) геном.

Генотип. Набор всех генов организма.

Ген-регулятор. Ген, кодирующий белок-репрессор, который связывается с оператором и регулирует транскрипцию «своего» оперона.

Ген-репортер. Ген, кодирующий легко выявляемый продукт. Такие гены используют, например, для того, чтобы убедиться, что данная генетическая конструкция успешно введена в клетку, орган или ткань.

Гетерологичный зонд. Сегмент ДНК одного организма, использующийся для скрининга библиотеки сходных ДНК другого организма.

Гетероизошизомеры. Рестрицирующие эндонуклеазы, выделенные из различных микроорганизмов, которые узнают на ДНК одни и те же последовательности, но производят разрывы в разных точках в пределах того же сайта. Например: XmaI (C↓CCGGG) и SmaI (CCC↓GGG).

Гибридизация нуклеиновых кислот. Отжиг двух полинуклеотидных цепей, часто из разных источников, с образованием ДНК/РНК- или ДНК/ДНК-гибридов, стабилизируемых водородными связями.

Гибридный белок (химерный белок, слитый белок). Продукт клонированных совместно двух или более кодирующих последовательностей из разных генов. Представляет собой одну полипептидную цепь.

Гибридный ген. Ген, состоящий из частей двух или нескольких генов и экспрессирующийся как единое целое с образованием гибридного (химерного) белка.

З'-гидроксильная группа. Гидроксильная группа, связанная с З'-атомом углерода сахарного остатка (рибозы или дезоксирибозы) концевого нуклеотида молекулы нуклеиновой кислоты.

Гуанин ( G). Пуриновое основание, комплементарное цитозину. Одно из четырех азотистых оснований, входящих в состав ДНК и РНК.

Двухцистронный вектор. Клонирующий вектор, предназначенный для экспрессии двух генов в одной клетке млекопитающих. Гены находятся под контролем одного промотора и сигнала полиаденилировани.

Дезоксирибоза. Пятиуглеродный моносахарид, входящий в состав ДНК.

Денатурация. l. Расхождение цепей двухцепочечной молекулы ДНК или РНК. 2. Нарушение нативной конформации биологических макромолекул в результате разрушения нековалентных (водородных) связей.

Дидезоксинуклеотид (ddNTP). Полученный искусственным путем нуклеозидтрифосфат, лишенный 2'- и З'-гидроксильных групп при углеродных атомах сахарного кольца.

ДНК-зонд. Фрагмент ДНК, меченный тем или иным образом и использующийся для гибридизации со специфическим участком в молекуле ДНК. Позволяет идентифицировать комплементарные ему нуклеотидные последовательности.

ДНК-лнгаза. Фермент, катализирующий образование фосфодиэфирной связи между З'-гидроксильной группой и 5'-фосфатом соседних нуклеотидов в месте одноцепочечного разрыва молекулы ДНК.

ДНК-мишень (ДНК-интереса)(см. Ген-мишень).

ДНК-полимераза. Фермент, катализирующий синтез полинуклеотидной цепи из отдельных нуклеотидов с использованием другой цепи в качестве матрицы и ДНК-затравки со свободной 3'-ОΗ-группой.

ДНК-полимеразa Taq Термостабильная ДНК полимераза бактерии Thermus aquafscus (сохраняет активность при 95°С). Часто применяется в методе ПЦР.

ДНК-чипы. Микроскопические пластинки из стекла или пластика с нанесенными на них в определенном порядке тысячами фрагментов ДНК, содержащих определенные гены.

Зонд. l. Соединение, меченное тем или иным способом и использующееся для выявления родственных биохимических молекул в сложном образце. 2. Олигонуклеотид, использующийся для выявления комплементарных последовательностей с помощью гибридизации.

Емкость вектора. Максимальный размер участка ДНК, который может быть клонирован в данном векторе.

Изокаудомеры. Эндонуклеазы рестрикции, распознающие на ДНК совершенно разные последовательности нуклеотидов, но образующие фрагменты с одинаковыми одноцепочечными концами. Например: MboI (↓ GATC) и BamHI (G↓ GATC C).

Изопропил-β-D-тиогалактопиранозид ИПТГ (Isopropylß-D-tlriogalactopyranoside) Индуктор lac -(лактозного)оперона, В технологии рекомбинантных ДНК используется для индукции клонированных генов, находящихся под контролем системы lac -репрессор— lac -npoмотор.

Изошизомеры. Эндонуклеазы рестрикции, выделенные из различных микроорганизмов, которые узнают на ДНК одни и те же последовательности нуклеотидов. Например: SphI (CGTAC↓G) и BbuI (CGTAC↓G).

Иммуноаффинная хроматография. Метод очистки, при котором фиксированное на подложке антитело связывает специфический белок, присутствующий в сложной смеси других белков.

Иммунологический анализ. Метод, основанный на способности антитела узнавать специфический компонент в биологическом образце.

Иммунологический скрининг. Скрининг геномной библиотеки, основанный на выявлении продукта гена-мишени иммунологическими методами.

Индуктор. Небольшая молекула, связывающаяся с регуляторным белком-репрессором, что приводит к дерепрессии соответствующих генов.

Индукция. Дерепрессия гена или группы генов под действием индуктора.

Инициация. Начало синтеза биополимера.

Инициирующий кодон. Кодон АUG в составе мРНК, кодирующий метионин (N-формилметионин у прокариот), с которого начинается (инициируется) синтез полипептидных цепей. Другое название — сигнал инициации трансляции.

Интеграция. Встраивание чужероднойДНК (обычно с помощью гомологичной рекомбинации) в хромосому хозяйской клетки.

Интегрирующий вектор. Вектор, специально сконструированный для того, чтобы с его помощью можно было встраивать (интегрировать) клонированную ДНК в геном клетки-хозяина.

Ингерлейкин-2. Лимфокин, секретируемый некоторыми Т-лимфоцитами и стимулирующий пролиферацию Т-клеток.

Интрон. Транскрибируемый участок гена, не содержащий кодонов и вырезаемый из первичного транскрипта в ходе процессинга с образованием функциональной РНК.

Искусственная бактериальная хромосома (ВАС – Bacterial artificial chromosome). Векторная система на основе F-плазмиды E.coli, использующаяся для клонирования длинных (100—300 т.п.н.) последовательностей нуклеотидов.

Искусственная дрожжевая хромосома (YAC - Yeast artificial
chromosome). Рекомбинантная ДНК, состоящая из дрожжевой плазмиды и интегрированных в нее центромерных и теломерных областей хромосом дрожжей, а также маркерных генов и содержащая несколько сайтов инициации репликации.

Искусственная хромосома PI (PI artificial chromosome). Векторная система на основе фага Pi, использующаяся для введения в клетки E.coli методом электропорации очень крупных фрагментов ДНК (100—300 т.п.н.).

Картирование генов. Ппределение положения данного гена на хромосоме относительно других генов.

кДНК-библиотека (см. Библиотека кДНК).

Клон. Популяция клеток или молекул, идентичных одной родоначальной клетке или молекуле.

Клонирование. Совокупность процедур, использующихся для получения клонов. Клонирование многоклеточных организмов, например, включает пересадку ядер соматических клеток в оплодотворенное яйцо с удаленным пронуклеусом.

Клонирование генов. Система методов, использующаяся для получения клонированных ДНК: выделение нужного гена из какого-либо организма, встраивание его в плазмиду (вектор), введение в клетку организма-хозяина, многократная репликация.

Клонирующий вектор. Молекула ДНК (плазмидная или вирусная ДНК), предназначенная для клонирования ДНК-мишени.

Кодон. Три соседних нуклеотида, кодирующих определенную аминокислоту. Всего существует 64 сочетания нуклеотидов в кодонах; 61 из них кодируют 20 аминокислот, 3 являются стоп-кодонами.

Компетентные. Способность бактериальных клеток воспринимать трансформирующую ДНК (обычно плазмиду).

Комплементарная ДНК (кДНК). Молекула ДНК, синтезированная на РНК-матрице с участием РНК-зависимой ДНК-полимеразы (обратной транскриптазы).

Комплементарные нуклеотидные последовательности. Полинуклеотидные последовательности, которые взаимодействуют между собой в соответствии с правилами спаривания оснований: аденин (А) образует пару с тимином (Т) или урацилом (U) в РНК, гуанин (G) – с цитозином (С).

Коннекторный метод соединения фрагментов ДНК. Формирование липких концов, чаще всего одноцепочечных олиго-(dA) с одной стороны и олиго-(dT) – с другой, с помощью фермента концевой дезоксинуклеотидилтрансферазы.

Космида. Вектор, объединяющий свойства плазмидного вектора и вектора на основе фага l. Имеет cos -сайты.

«Кэп». Метилированный гуанозин на 5'-конце многих мРНК эукариот.

Лактозный оперон. Единица транскрипции хромосомной ДНК E.coli, состоящая из промотора, оператора, терминатора и последовательностей, кодирующих структуру трех ферментов, участвующих в утилизации дисахарида лактозы. Последовательности промотора, оператора и части структурных последовательностей, кодирующих фермент b-галактозидазу используют в генетических векторах клонирования и экспрессии для клеток E.coli.