Учебно-методическое и информационное обеспечение дисциплины. 1. Овчинников Ю.А. Биоорганическая химия

1. Практическая химия белка. Ред. А.Дарбре. М., Мир, 1989.
2. Р. Скоупс. Методы очистки белков. М., Мир, 1985.

3. Проблема белка. Т. 1. Химическое строение белка. Ред. В.М.Липкин. М., Наука, 1995.

1. Белки и пептиды. Т. 1. Ред. В.Т. Иванов, В.М. Липкин. М., Наука, 1995.
2. Э.Шредер, К.Любке. Пептиды. Т.1-2. М., Мир, 1965.
3. E.Atherton, R.C.Sheppard. Solid Phase Peptide Synthesis. A Practical Approach. JRL Press, 1989.
4. А.С. Спирин. Молекулярная биология. Структура рибосомы и биосинтез белка. М., Высшая школа, 1986.
5. M. Manoharan. Oligonucleotide conjugates as potential antisense drugs with improved uptake, biodistribution, targeted delivery, and mechanism of action // Antisense&Nucleic Acid Drug Development. 2002, v. 12, p. 103-128.
6. Н.К. Кочетков и др. Химия углеводов, М., Химия, 1967.
7. А.Ф. Бочков, В.А. Афанасьев, Г.Е. Заиков. Образование и расщепление гликозидных связей. М., Наука, 1978.
8. Р. Хьюз. Гликопротеины. М., Мир, 1986.
9. Р.П. Евстигнеева, Е.Н. Звонкова, Г.А. Серебренникова, В.И. Швец. Химия липидов. М., Химия, 1983.
10. В.И. Швец, А.Е. Степанов, В.Н. Крылова, П.В. Гулак. мио -Инозит и фосфоинозитиды. М., Наука, 1987.
11. Биологические мембраны. Ред. Дж. Финдлей, У.Эванс. М., Мир,1990.
12. Cevc G., Marsh D. Phospholipid bilayers. Physical principles and models. N.Y.: Wiley Intersci., 1987.

16. Болдырев А.А., Курелла Е.Г., Павлова Т.Н., Стволинский С.Л., Федосова Н.У. Биологические мембраны. М., Изд. МГУ, 1992.

1. Ю.А.Овчинников, В.Т.Иванов, А.М. Шкроб. Мембрано-активные комплексоны. М., Наука, 1974.
2. Химия биологически активных природных соединений. Ред. Н.А. Преображенский, Р.П. Евстигнеева. М., Химия, 1976.
3. Н.А.Преображенский, Э.И.Генкин. Химия органических лекарственных веществ. М., Госхимиздат, 1953.
4. Физико-химические методы исследования биополимеров и низкомолекулярных биорегуляторов. Ред. В.Т. Иванов. М., Наука, 1992.
5. Э. Бакс. Двумерный ядерный магнитный резонанс в жидкости. Новосибирск, Наука, 1989.
6. Д. Фрайфелдер. Физическая биохимия: применение физико-химических методов в биохимии и молекулярной биологии. М., Мир, 1980.
7. Дж. Чепмен. Практическая органическая масс-спектрометрия. М., Мир, 1988.
8. Метод спиновых меток. Теория и применение. Ред. А. Берлинер. М., Мир, 1979.
9. Н.Н. Зубова, А.П. Савицкий. Молекулярные клеточные сенсоры, созданные на основе цветных флуоресцирующих белков // Успехи биологической химии, т. 45, 2005, с. 391-454.
10. Д.М. Грайфер, Н.А. Моор. Биосинтез белка. Учебное пособие. Новосибирск: Изд-во НГУ. 2011, (Уч.-изд. л. 5,0) 80 с.
11. Воробьев П.Е., Жарков Д.О. Основы молекулярной биологии. Новосибирск: Изд-во НГУ. 2009. 90 с.
12. В.И. Слесарев. Основы химии живого. Санкт-Петербург. Химиздат, 2001

8.2. Примеры вопросов на экзамене:

Билет 1

1. Полифункциональные реагенты для структурно-функциональных исследований белков. Конструирование, примеры использования.
2. Химические реакции по атомам азота пиридиниевого типа в нуклеиновой кислоте. Примеры реакций, протекающих по механизму S_N1.

Билет 2

1. Химический синтез пептидов. Защитные группы уретанового типа. Основные способы введения, удаления защитных групп и механизмы соответствующих процессов.
2. Химическая модификация нуклеиновых кислот, сопровождающаяся расщеплением и перегруппировкой в гетероциклических основаниях.

Билет 3

1. Химическая модификация основных аминокислот при планировании химического синтеза пептидов или при исследовании первичной структуры белков.
2. Общие принципы конструирования аффинных реагентов. Типы реакционноспособных групп в аффинных реагентах.

Билет 4

1. Проблема рацемизации при химическом синтезе пептидов и пути ее решения.
2. Химическая модификация гетероциклических оснований нуклеотидов (пуринов). Примеры реакций, протекающих по механизму S_N1.

Билет 5

1. Методы избирательного введения защитных групп по карбоксильным и аминогруппам боковых радикалов аминокислот при химическом синтезе пептидов.
2. Химическая модификация гетероциклических оснований нуклеотидов (пиримидинов). Примеры реакций, протекающих по механизму присоединения-отщепления.

Билет 6

1. Химические и ферментативные подходы к фрагментации полипептидной цепи. Использование химической модификации функциональных групп белков для изменения специфичности ферментативного гидролиза.

2. Реакции присоединения-отщепления и замещения по атомам углерода гетероциклических оснований в нуклеозидах и нуклеотидах.

Билет 7

1. Общие принципы конструирования полифункциональных реагентов для изучения надмолекулярных комплексов.
2. Химико-ферментативные методы получения фотоактивируемых фрагментов ДНК и РНК.

Билет 8

1. Установление числа и расположения дисульфидных связей в белках.
2. Антисмысловые нуклеиновые кислоты. Примеры синтеза и использования производных олигонуклеотидов.

Билет 9

1. Временные и постоянные защиты аминокислот при химическом синтезе пептидов. Примеры. Механизм введения и удаления защитных групп на любом примере.
2. Кислотно-основные свойства компонентов нуклеиновых кислот. Таутомерия. Расщепление N-C-гликозидной связи в пуриновых и пиримидиновых нуклеозидах при низких значениях рН.

Билет 10

1. Посттрансляционная и химическая модификация белков: ацилирование и ацетилирование белков.
2. Химическая модификация остатков рибозы при химическом синтезе нуклеиновых кислот и с целью получения производных нуклеотидов и олигонуклеотидов.

Билет 11

1. Посттрансляционная и химическая модификация белков: алкилирование белков.
2. Методы определения первичной структуры ДНК и РНК.

Билет 12

1. Методы изучения первичной структуры белка. Метод Эдмана. Роль масс-спектрометрии в определении точек пост-трансляционной модификации белков.
2. Подходы к направленной доставке терапевтических конструкций на основе нуклеиновых кислот в клетки-мишени.

Билет 13

1. Посттрансляционная и химическая модификация белков: фосфорилирование и нуклеотидирование белков. Методы определения точек модификации.
2. Химический синтез фотоактивируемых производных нуклеозид-5’-трифосфатов, модифицированных по гетероциклическому основанию.

Билет 14

1. Общая стратегия выбора защитных групп при синтезе пептидов. Защита функциональных групп ароматических аминокислот.

2. Аналоги олигонуклеотидов с модифицированным углеводным фрагментом. Схема синтеза на любом примере.

Билет 15

1. Определение аминокислотного состава белка. Идентификация и локализация цистинсодержащих пептидов.
2. Способы активации фосфатной группы в нуклеотидах и олигонуклеотидах. Механизмы соответствующих процессов.

Билет 16

1. Общая стратегия определения первичной структуры белков. Методы определения N - и С -концевых остатков в белках.

2. Методы введения репортерных групп в олиго- и полинуклеотиды. Использование олигонуклеотидных зондов при гибридизационном анализе нуклеиновых кислот.

Билет 17

1. Химический синтез пептидов. Способы активации карбоксильной группы. Механизмы соответствующих процессов. Метод Меррифилда.
2. Морфолиновые аналоги моно- и олигонуклеотидов. Подходы к их получению.

Билет 18

1. Посттрансляционная и химическая модификация боковых радикалов серусодержащих аминокислот. Методы определения точек модификации.

2. Блокирование и деблокирование аминогрупп гетероциклических оснований и гидроксильных групп остатков пентозы при химическом синтезе олигонуклеотидов. Механизмы соответствующих процессов.

Билет 19

1. Посттрансляционная и химическая модификация белков: ферментативное и неферментативное гликозилирование белков.
2. 2’-Модифицированные аналоги олигонуклеотидов.

Билет 20

1. Модификация белков путем присоединения простетических групп.
2. Пост-синтетическое введение реакционноспособных групп в олигонуклеотиды.

Билет 21

1. Моно- и поли(ADP-рибозилирование) белков.
2. Циклонуклеозиды (ангидронуклеозиды). Синтез и использование пиримидиновых циклонуклеозидов для получения 2’-модифицированных аналогов нуклеотидов.

Билет 2 2

1. Введение карбоксилатных анионных групп по боковому радикалу глутамата.
2. Влияние вторичной структуры нуклеиновых кислот на реакционную способность гетероциклических оснований (можно на примере реакций с алкилирующими реагентами).

Билет 23

1. Посттрансляционная модификация белков. Изопренилирование и убиквитинилирование белков.

2. Синтез 2’-аминонуклеозидов с целью последующего получения реагентов для модификации белков.

Билет 24

1. Модификация белков с целью изменения биологической функции.

2. Методы получения нуклеозид-5’-трифосфатов.

Билет 25

1. Аффинная модификация как инструмент изучения механизма функционирования надмолекулярных комплексов.

2. Н-фосфонатный метод синтеза олигорибонуклеотидов.

Билет 26

1. Реакции ароматического электрофильного замещения при химической и посттрансляционной модификации боковых радикалов аминокислот.

2. Твердофазный фосфотриэфирный метод синтеза олигонуклеотидов