Аутохтонная микрофлора — совокупность микроорганизмов, постоянно живущих и размножающихся в воде. Как правило, микробный состав воды напоминает микрофлору почвы, с которой вода соприкасается. То есть большинство водных микроорганизмов также является распространёнными обитателями почв. Микроорганизмы, приспособившиеся к условиям существования в воде и регулярно обнаруживаемые в ней, можно считать специфической для воды флорой. К ним относят аэробные кокки: микрококки, сарцины, Serratia marcescens, Bacillus cereus, Bacillus mycoides, бактерии родов Pseudomonas, Proteus, Leptospira. Анаэробных бактерий в незагрязнённых водоёмах мало; наиболее часто в них обнаруживают клостридии. Количество микроорганизмов в открытых водоёмах варьирует в широких пределах: от нескольких десятков, сотен до миллионов в 1 мл, что зависит от вида водоёма, степени его загрязнения, смены метеорологических условий, сезона и т.д. Следует помнить, что в воде водоёмов могут содержаться вещества, препятствующие размножению микробов и даже оказывающие губительное на них действие. Например, сероводород или серная кислота, образующиеся в результате жизнедеятельности одних бактерий, неблагоприятно влияют на другие микроорганизмы. Микрофлора водоёмов зависит также и от биоценоза, то есть видового состава и численности других живых существ. Так, находящиеся в воде фаги, хищные бактерии (например, бделловибрионы) и простейшие уничтожают миллионы и миллиарды бактерий. Микроорганизмы, способные образовывать антибиотики, вызывают гибель бактерий, чувствительных к этим веществам. На дне, а также в прибрежной зоне водоёмов обнаруживают большое количество микробов, что связано с постоянным попаданием бактерий из почвы берега, с дождевой водой, с поверхностными стоками, поэтому флора любого поверхностного водоёма периодически изменяется и обновляется. Вдали от берегов в воде содержится небольшое количество микробов. Микроорганизмы воды играют значительную роль в круговороте веществ в природе. Они расщепляют органические вещества с образованием субстратов, которые используют в питании другие водные микроорганизмы. Биологическая активность в водоёмах максимальна в летне-осенний период.
