В том случае, когда цель хроматографического процесса — не анализ, а выделение чистых веществ, применяются более крупные, препаративные хроматографы. Если в аналитическом приборе диаметр колонки составляет обычно 3—6 мм, то для препаративного разделения в зависимости от требуемой производительности нужны колонки диаметром порядка нескольких сантиметров. Соответственно вводится большее количество пробы (в лабораторных препаративных хроматографах несколько кубических сантиметров жидкости). На выходе из колонки устанавливают охлаждаемые ловушки, в которых улавливаются выделенные компоненты.
Вначале препаративная хроматография находила применение только в лабораторных условиях — для очистки вновь синтезируемых веществ от примесей, при выделении эталонов для калибровки аналитических приборов и т.д. По мере усовершенствования аппаратуры производительность препаративных колонок неуклонно увеличивалась. Разумеется, эффективность колонок большого диаметра всегда ниже, чем аналитических колонок, тем не менее успешно эксплуатируются установки с диаметром колонки в десятки сантиметров, на которых можно получить килограммы и даже тонны высокочистых продуктов. Очевидно, не далеко то время, когда хроматография станет в один ряд с крупнотоннажными методами разделения
