Основная тема романа — отчуждение — «человек человеку волк», звучащей у Ремизова как «человек человеку бревно». Крестьянка Акумовна, добродетельный герой («божественная»), с ее рефреном «обвиноватить никого нельзя», в этой петербургской истории представляет сущность русской народной духовности. Главный герой, безработный чиновник по фамилии Маракулин (от глагола «марать», то есть писать и существительного «каракули»), один из многих обитателей доходного дома, увяз в житейских трудностях, не может найти ответа на проклятый вопрос «как жить? присутствуют два хорошо различимых плана: религиозные и культурные символы прошлого переплетены с минимальным, эпизодическим сюжетом, единство которого определяется наличием главного героя. Поиски ответа на вопрос «как жить» происходят в Санкт-Петербурге, мрачном, нерусском безбожном городе. Это место смерти и безумия. Написанное стилизованным сказом вступление представляет читателю двух неразлучных друзей Маракулина и Глотова, но второй затем практически исчезает из повествования, чтобы стать скрытой пружиной действия. Изредка он всплывает на поверхность как подразумеваемый двойник, который приносит несчастье: по его вине Маракулин теряет место на службе и любимую женщину. Центральное повествование о поисках Маракулиным ответа на вопрос «как прожить» охватывает два года жизни героя. О ходе времени свидетельствуют смены времен года и религиозные праздники. Последние имеют символическое значение как определенные этапы повести, которая начинается на Пасху и заканчивается на Троицын день два года спустя. Сюжет не развивается хронологически, о детстве и юности героя сообщается позже, в кратких ретроспективных экскурсах. Смерть Маракулина в конце романа представляет скорее прекращение, чем завершение действия, потому что Акумовна еще раньше нагадала ему на картах смерть. Ее пророчество подтверждается сном о смерти, который видит Маракулин накануне самоубийства: так сгущается пронизывающий роман дух неизбежности. Ремизов видел в «Сестрах» пример симфонической композиции: каждая глава сначала вводит основную тему, а потом тематические лейтмотивы, связанные с конкретным персонажем. Рефрены подхватывают темы и углубляют их путем повторов. Продуманная музыкальная композиция и четко размеченное календарное время составляют костяк повествования, которое иначе оказалось бы фрагментарным. За страшным видением Маракулина пожарного в ту же ночь последует апокалипсический сон. Двор в доме Буркова становится средневековым полем брани, буквально «смертным полем». Это видение, свидетельствующее о растущем отчаянии чиновника и его приближении к смерти. Единственное исключение на фоне всеобщей обреченности в сцене во дворе Буркова — это юродивая Акумовна. Как одна из отмеченных Богом, владеющая знанием об «ином мире", она играет магическую роль защитницы. С апокалипсическим видением смерти Маракулина контрастирует рассказ Акумовны о ее «хождении по мукам», основанный на легендах, которые оставили глубокий отпечаток в русском народном сознании.
Навалившаяся на Маракулина беда начинает восприниматься как наваждение. Тем не менее Маракулин не может прекратить думать, потому что череда неудач и несчастий произвела в нем громадный необратимый переворот, сделав его из «недумающего» человека «думающим». Маракулин методически размышляет над современными концепциями улучшения мироустройства. Хотя Маракулин и сочувствует традиционным верованиям Акумовны и Веры Николаевны, он не в силах удержать себя от отчаяния. Его смерть остается двусмысленной: читатель не может сказать с уверенностью, несчастный ли это случаи или самоубийство; смерть описана сухим языком газетного репортажа. Это еще одно проявление хаоса бытия, традиционного «горя-злосчастья» или «слепой случайности», правящей жизнью героев, которые не имеют ни силы воли, ни веры, чтобы противостоять злу. Ремизов использует как литературные, так и нелитературные жанры, включая устную традицию, фольклор, поэзию и «логику сновидений». Сострадая своим героям, он не верит в победу «божеского» над «дьявольским», считает, что «дьявольский водевиль» жизни бесконечен.
