Бюджетні установи, які утримуються за рахунок коштів Державного бюджету, фінансуються за другою формою – через органи Державного казначейства, яким в установах Національного банку та уповноважених установах комерційних банків, визначених Кабінетом Міністрів України та Національним банком України, відкриваються єдині казначейські рахунки відповідно до наказу Головного управління Державного казначейства України. У перспективі органи Державного казначейства виконуватимуть функції бюджетного банку.
Єдиний казначейський рахунок – це система бюджетних рахунків органів Державного казначейства в установах банків, на які зараховуються податки, збори та інші обов’язкові платежі державного бюджету і з яких органами Державного казначейства здійснюються платежі безпосередньо на користь суб’єктів господарської діяльності, які виконали або надали послуги розпорядникам бюджетних коштів, та оплачуються інші видатки бюджетних установ як у безготівковому порядку, так і готівкою.
При фінансуванні розпорядників бюджетних коштів через територіальні органи Державного казначейства всі поточні рахунки бюджетних установ в уповноважених банках закриваються і в свою чергу їм в органах Державного казначейства відкриваються реєстраційні рахунки, кількість яких у конкретного розпорядника коштів залежить від ступеня деталізації контролю за використанням бюджетних коштів відповідно до бюджетної класифікації.
Реєстраційні рахунки за багатьма ознаками відрізняються від поточних рахунків:
