Католическая реформация началась раньше, но с появлением протестантизма она приняла иной характер. Речь шла уже не только о вызванной внутренними причинами необходимости провести церковную реформу, но и о попытке дать ответ тем, кто настаивал на реформировании самого учения. В частности, в тех областях, где протестантизм представлял собой реальную угрозу, католические реформаторы пытались, с одной стороны, изменить сложившиеся обычаи, а с другой - отстаивать традиционное учение.
Одни из этих католиков были по-настоящему учеными людьми, а другие просто боялись, что гуманистическая программа несет в себе такую же угрозу, как и протестантизм. Экк, тот самый богослов, который участвовал в диспуте с Лютером и Карлштадтом в Лейпциге, был добросовестным пастырем и богословом, опубликовавшим в 1537 году свой собственный перевод Библии на немецком. С другой стороны, Иаков Латомус, ректор Лувенско-го университета, критиковал как протестантов, так и гуманистов, утверждая, что для понимания Писания достаточно прочитать его на латыни в свете предания церкви и что изучение греческого и древнееврейского языков не имеет никакого смысла. Но в конце концов стало ясно, что для опровержения протестантских учений необходимы глубокие исследования, и в результате появилось множество богословов и ученых, направивших все свои усилия на опровержение выдвигавшихся протестантами аргументов. Наиболее видными среди них были Роберто Беллармино и Цезарь Бароний.
Беллармино стал основным систематизатором католических богословских аргументов, выдвигавшихся против протестантов. В течение двенадцати лет, начиная с 1576 года, он заведовал в Риме вновь созданной кафедрой обличительного богословия и к концу этого срока приступил к публикации своего главного сочинения " Рассуждение о распрях в христианской вере", которое закончил в 1593 году. Оно стало классическим источником аргументации в спорах с протестантами. Более того, большинство аргументов, выдвигаемых и сегодня, уже содержались в книге Беллармино. Беллармино участвовал также в суде над Галилеем, где тот был признан еретиком за утверждение, что земля вращается вокруг солнца.
Цезарь Бароний был видным католическим историком. Группа ученых Магдебургского университета начала публикацию обстоятельной истории церкви, в который стремилась доказать, что римское католичество отошло от изначального христианства. В этой незаконченной работе каждому веку посвящалось по одной книге, поэтому она получила известность под названием " Магдебургских центурий". В ответ Бароний написал " Церковные анналы". Эти труды ознаменовали зарождение церковной истории как современной дисциплины.
