Рудольфу II, ставшему императором в 1576 году, протестанты не доверяли, так как он учился в Испании у иезуитов, которые, как считалось, продолжали оказывать влияние на многие его политические решения. При нем в течение тридцати лет сохранялся относительный мир, так как правителем он был слабым и его решения в поддержку католичества часто просто не исполнялись. Затем в 1606 году в имперском городе Донауверте возникли беспорядки. Этот город, расположенный на границе с католической Баварией, принял протестантизм, и к 1606 году католики там оставались лишь в монастыре, обитателям которого было разрешено свободно исповедовать свою веру, но только в пределах монастыря. Однако в том году монахи, воодушевленные, возможно, благожелательным отношением императора, устроили шествие, и жители встретили их дубинками и камнями, вынудив вернуться в монастырь. В те времена такое случалось нередко, и обычно дело ограничивалось словесным порицанием обеих сторон. Но на сей раз были приняты более суровые меры. Спустя год с небольшим после этих событий герцог Максимилиан Баварский, чувствовавший призвание искоренить протестантизм, появился в Донауверте с сильной армией и принялся насильно обращать жителей в католичество.
Реакция последовала незамедлительно. В начале 1608 года протестанты объединились в Протестантскую унию. Год спустя их противники создали Католическую лигу. Но в Унию вошли не все протестанты, поэтому было ясно, что, разразись сейчас война, Католическая лига без труда выиграла бы ее.
Тем временем развитие событий в соседней Богемии тоже привело к конфронтации. Это была земля гуситов, принявших сторону протестантов-реформатов, к которым теперь присоединились многие иммигранты из числа немецких кальвинистов, и в глазах католиков большинство населения там были еретиками. Назревало восстание, и Рудольф в результате своей неумелой политики был вынужден отречься от престола. Его брат и преемник Матвей тоже проявил себя не лучшим образом. Его двоюродный брат Фердинанд, которого он сделал королем Богемии, был твердолобым католиком, к которому вскоре его подданные начали относиться с недоверием. Когда Пражский королевский совет отказался прислушаться к их возражениям касательно проводимой королем политики, протестанты в Богемии возмутились и даже выбросили из окна двух королевских советников, которые, впрочем, не получили серьезных увечий, так как упали на кучу мусора. Именно этот инцидент положил начало Тридцатилетней войне, самой кровавой и самой опустошительной общеевропейской войне в период до XX века.
