Онтологічне вчення неотомізму має вихід у сферу теорії цінностей. Гносеологія сучасного неотомізму виникла і розвинулась на базі релігійного вчення. В неотомізмі існує свій шлях вирішення проблеми співвідношення віри та розуму в загалі.З онтології неотомізму логічно випливає його гносеологія, в якій слід розрізняти декілька тенденцій. Марітен, наприклад, стверджуючи можливість безпосереднього осягнення буття мислячим суб'єктом, якому притаманна інтелектуальна інтуїція, звертав увагу також і на складний шлях опосередкування, що характеризує процес пізнання. Інша тенденція — помірковано опосередкований реалізм, активно асимілювала методологічний інструментарій і категоріальний апарат кантіанства, феноменології та антропології. Вказана домінує сьогодні в гносеології неотомізму, що дає йому змогу витримувати рівень теоретико-пізнавальних доктрин другої половини двадцятого и двадцять першого століття. Розкриваючи процес умоглядно-теоретичного осягнення світу, неотомісти на перше місце ставлять природознавство і філософію природи, на наступне місце — математику, на третє — метафізику.Гносеологія неотомізму є невід’ємною частиною філософської системи неотомізму. Гносеологія або теорія пізнання – розділ, частина філософської системи, основне завдання якої полягає в дослідженні можливостей і закономірностей пізнання людиною себе та світу. В коло завдань гносеології входить вивчення і визначення структур пізнання. В залежності від специфіки конкретної філософської системи її онтології і метафізики в коло проблем теорії пізнання входять і інші питання – Бог, душа, вільна воля та інші.Середньовічна схоластика не ставила собі завдання чітко розмежовувати поняття - метафізика, онтологія і гносеологія. В неотомізмі, в зв’язку з розвитком сучасної філософії і галузевих філософських наук, існує тенденція окреслювати кожне поняття та вказувати на його компетенцію та взаємозв’язки з іншими ідеями системи.В зв’язку зі специфікою філософської концепції, яка існує в неотомізмі, в понятті гносеологія прийнято розрізняти такі відтінки: теорія пізнання, метафізика пізнання. Серед неотомістів не існує однозначної думки щодо вирішення вказаних проблем.
Аналіз поняття «теорія пізнання», яке розуміється в неотомізмі ширше ніж наукове або загально філософське, вказує на те, що аналізуючи гносеологію неотомізму, необхідно досліджувати таке поняття як гносеологія пізнання, включаючи в нього усі відтінки, які пов’язанні зі специфічністю філософської системи неотомізму її реалізмом який був закладений ще в філософії Томи Аквінського.В неотомізмі, як і в інших філософських системах сучасності, існує тенденція будувати інші частини філософської системи, виходячи з вирішення проблем гносеології. Тобто аналіз метафізики – співвідношення, існування понять душа, Бог, світ; вирішення понять онтології – внутрішньої будови «світу неотомістів»; вирішення проблем антропології, соціальної та політичної філософії виконується шляхом розбудови, аналізу гносеологічних проблем, використовуючи для цього ідеї інших сучасних філософських течій. Наприклад, поєднання ідей Бергсона, або екзистенціальні ідеї у гносеології Е. Жильсона і Ж. Марітена; використання здобутків феноменології; також поєднання елементів антропологічної філософії з католицькою проблематикою та інші. Не дивлячись на такий синтез, поєднання гносеологічних ідей – систем, які не мають жодного відношення до католицької філософії, всі ці філософи вважаються послідовниками філософії Томи Аквінського, тому що в базі усіх цих побудов підґрунтям є принцип гносеологічного дуалізму, принцип розмежування пізнавальних можливостей віри та розуму.
Неотомізм - сучасне філософське вчення, яке поєднує у собі частини схоластичного вчення Томи Аквінського та ідеї сучасних філософських течій. В ньому не існувало відокремленого поняття – теорія пізнання, а також окремої гносеології. Остання була лише частиною матеріальної логіки, частиною того що сьогодні розуміється як поняття «формальна логіка». В неотомізмі існує тенденція будувати інші частини філософської систем, виходячи з розв’язання проблем гносеології. Спочатку формувати категоріальний апарат теорії пізнання, вказуючи можливості та межі пізнання, і на даному підґрунті будувати філософію з окремими галузевими дисциплінами.
