Возвращение в Россию. После возвращения в Россию он приступил к работе над магистерской диссертацией

После возвращения в Россию он приступил к работе над магистерской диссертацией. В 1889—1891 годах он служил в местном суде Запорожья, затем в течение двух лет работал учителем в Землемерном институте. В 1890 году в «Журнале Министерства народного просвещения» появилась его первая публикация, посвящённая международному праву. Это была рецензия на книгу А. Л. Форштетера «Дунай как международная река». В 1892 году в том же периодическом издании вышла в свет рецензия Грабаря на работу Даневского «Пособие к изучению истории и системы международного права».

В 1893 году освободилась кафедра международного права в Императорском Юрьевском (Дерптском) университете, занимавшаяся до этого немецким правоведом К. М. Бергбомом и В. Э. Грабарь получил приглашение занять её. Назначенный 1 июля 1893 года на должность приват-доцента юридического факультета Юрьевского университета, он в сентябре того же года прибыл в город, в котором проведёт четверть века. Он назовёт их «самым счастливым временем» своей жизни и «самым плодотворным в научной деятельности».

10 сентября 1893 года Владимир Грабарь обратился к декану юридического факультета Юрьевского университета с прошением разрешить ему чтение пробных лекций по темам: «Война и международное право» и «Изучение международного права в России до середины девятнадцатого века». В первой из названных лекций он дал обзор постепенному развитию правового регулирования поведения воюющих сторон и критику тех германских правоведов, которые представляли войну в качестве явления, присущего человеческой природе.

7 августа 1894 года В. Э. Грабарь отказался от австро-венгерского подданства и стал официально считаться подданным Российской империи.

24 марта 1901 года он был удостоен магистерской степени за диссертацию «Римское право в истории международно-правовых учений: элементы международного права в трудах легистов XII—XIV вв.» 19 июля того же года его назначили на должность экстраординарного профессора Юрьевского университета по кафедре международного права.

30 декабря 1906 года он стал ординарным профессором.

В 1907—1908 и 1915—1916 годах профессор В. Э. Грабарь являлся деканом юридического факультета Юрьевского университета. С 1910 года по 1915 годы он одновременно занимал должность директора университетской библиотеки. В 1913—1914 годах его дважды избирали председателем профессорского дисциплинарного суда в Юрьевском университете, что является явным свидетельством того большого авторитета, которым он пользовался в среде преподавателей и студентов.

Желание Грабаря изучить историю международного права несколько раз приводило его в Англию и другие западноевропейские страны. Архивные документы показывают что он работал в Лондоне в течение лета 1896 года. Грабарь работал в библиотеке Британского музея, бывал в Оксфорде и Кембридже.

В период с 26 по 29 июля 1911 года В. Э. Грабарь посещал заседания Первого Всемирного Расового конгресса, проходившего в Лондонском университете. Большую часть 1913 года он провёл в путешествиях по Италии, Германии,Англии,Бельгии,Франции и Кавказу.

После начала первой мировой войны профессору Грабарю была предложена кафедра международного права на Петроградских высших Женских курсах. Несмотря на то, что принятие этого предложения позволяло Грабарю переехать в столицу, он отказался от него. Дело в том, что накануне Владимир Эммануилович принял предложение барона Б. Э. Нольде занять должность советника по правовым вопросам при Верховном Главнокомандующем России и Министр народного просвещения барон М. А. Таубе освободил его от обязанностей университетского профессора. 2 августа 1914 года В. Э. Грабарь был откомандирован на должность советника по правовым вопросам дипломатической канцелярии при Верховном Главнокомандующем. Пребывал он в этой должнотси до 7 мая 1915 года. Будучи объективным в своих мнениях относительно нарушений законов войны, Грабарь усматривал данные нарушения в действиях как германских, так и русских войск. Такая позиция Грабаря привела в конце концов к его отставке по инициативе Министра иностранных дел С. Д. Сазонова. Официальным поводом к отставке стала «болезнь» Грабаря.

Газета «Рижский вестник» сообщала 18 мая 1916 года о существенном улучшении здоровья В. Э. Грабаря и об ожидавшемся возвращении его к преподавательским обязанностям в Юрьевском университете в следующем семестре.