В последние дни Римской империи христианство выросло до положения господствующей религии. Когда империя (или ее западные области) была похоронена под натиском германских племен, племена были обращены в христианство. Христианство не убило греческую науку, лишь довело ее до состояния, близкого к угасанию. И все же господство христианства работало против возрождения науки в течение многих столетий. Точка зрения христиан была противоположна точке зрения ионических философов. По мнению христиан, мир не был миром разума, но «городом Бога», который, может быть, постигнут только откровением, для которого Библия, писания отцов церкви и вдохновение самой церкви единственно верные источники. Вера в существование естественного закона, который был бы неизменяемым и неизменяющимся, дает путь к вере в некоего мирового субъекта, служащего посредником Бога.
Фактически, даже восприятие кем-либо светских вещей было «дьявольским», не относящимся к сфере духа. Наука с этой точки зрения становится вещью, сопряженной с гневом Божьим. Естественно, это не было универсальной точкой зрения, и свет науки поддерживал слабое пламя среди мрака так называемых темных веков. Случайный ученый боролся, чтобы удержать мировые знания в живых. Например, англичанин Беде (673 — 735 гг. н. э.) сохранил все, что смог, из античных авторов. Однако в связи с тем, что сохраненное состояло главным образом из подчисток Плиния, избранное им было не особенно передовым. Возможно, наука так и погибла бы вовсе, если бы не арабы. Арабы приняли ислам — религию более молодую, чем христианство, и, причитая молитвами Мохаммеда, вступили в седьмое столетие. Они возникли сразу, подобно взрыву, на своем сухом полуострове и заполнили всю юго-западную Азию и северную Африку. В 730 г., спустя столетие после Мохаммеда, люди ислама (мусульмане) осаждали Константинополь на востоке и Францию на западе. В военном и культурном отношении они казались ужасом и опасностью для христианской Европы, но интеллектуально, как °ни доказали, стали благом. Подобно римлянам, арабы не были великими научными первооткрывателями. Но, как бы то ни было, они открыли работы таких ученых, как Аристотель и Гален, перевели их на арабский; сохранили их, изучали и писали комментарии к ним. Наиболее важным из мусульманских биологов был персидский врач Ибн Сина, который обычно именовался по латинизированной версии его имени Авиценна. Авиценна писал многочисленные книги, базирующиеся на медицинских теориях Гиппократа и материалах из книги Цельса. Примерно в тот период, по крайней мере в Западной Европе, наступил перелом в противостоянии арабам. Христианские армии отвоевали Сицилию, которую уже несколько столетий контролировали мусульмане, а затем — Испанию. К концу XI в, западноевропейские армии начали проникать на Ближний Восток, где их называли крестоносцами. Контакты с мусульманами помогли европейцам узнать, что враждебная культура — не просто порождение дьявола, но в некоторых отношениях более продвинута и обогащена опытом, чем их собственная. Европейские ученые стали осваивать мусульманские учения; расцветали проекты перевода арабских научных книг. Работая во вновь отвоеванной Испании, в которой трудились и мусульманские ученые, итальянец Жерар де Кремона (1114 — 1187) перевел труды Гиппократа, так же как труды Аристотеля и Галена, на латынь. Немецкий ученый Альбертус Магнус (1206— 1280) был одним из новых поклонников вновь открытого Аристотеля. Его учения и писания были всецело аристотелевскими, Магнус помог заложить фундамент греческой науки, в которой он мог бы, по крайней мере, сделать больше. Одним из учеников Магнуса был итальянский ученый Томас Аквинус (1225 — 1274). Он работал над гармонизацией философии Аристотеля и христианской веры, в чем преуспел. Аквинус был рационалистом: он чувствовал, что разум создан Богом, так как является составляющей Вселенной, и что правильно рассуждающий человек не может прийти к заключению, чуждому христианскому учению. Результат рассуждения никогда не будет зловещим или вредным. Эта стадия развития науки стала началом возобновления рационализма.
