По гражданско-правовой характеристике договор транспортной экспедиции является консенсуальным, взаимным и возмездным.
Консенсуальный означает, что обязательства по договору возникают с момента подписания его сторонами (экспедитором и клиентом) соответствующего соглашения, а не с момента передачи экспедитору груза от клиента. Поэтому, если клиент надлежащим образом выполнил обязанности по договору, то с даты его подписания экспедитор уже не вправе отказаться от выполнения своих обязанностей, мотивировав это тем, что договор считается заключенным с момента передачи груза. Клиент вправе обратиться в арбитражный суд с иском к транспортно-экспедиционной компании о взыскании убытков, вызванных неисполнением обязательств по договору транспортной экспедиции.
Договор является возмездным, поскольку за выполнение обязанностей по договору экспедитор получает вознаграждение, размер которого целесообразно при заключении договора либо установить в твердой сумме, либо указать порядок расчета. В противном случае налоговые органы будут вправе применить общее правило об определении цены по данному виду договора: «В случаях, когда в возмездном договоре цена не предусмотрена и не может быть определена исходя из условий договора, исполнение договора должно быть оплачено по цене, которая при сравнимых обстоятельствах обычно взимается за аналогичные товары, работы и услуги» (п. 3 ст. 424 ГК РФ).
Договор транспортной экспедиции заключается в письменной форме (п. 1 ст. 802 ГК РФ). Несоблюдение этого условия не влечет за собой недействительности договора, но при возникновении спора лишает стороны права ссылаться в подтверждение сделки и ее условий на свидетельские показания. При этом у сторон сохраняется право приводить письменные и другие доказательства (ст. 162 ГК РФ).