Другая причина негативных изменений в аграрных ландшафтах – эрозия почв - процесс разрушения почвенного покрова и сноса его частиц ветром (ветровая эрозия, или дефляция) или потоками воды (водная эрозия). Разрушение почвы водой проявляется в виде плоскостной (смыв) и вертикальной (размыв) эрозий. При вертикальной эрозии образуются промоины, канавы, овраги.В результате неграмотного ведения сельского хозяйства, почвы обширных территорий сельскохозяйственных угодий подвергнуты эрозии. Плодородие эродированных почв снизилось, а в некоторых случаях земли стали бесплодными и непригодными для сельскохозяйственного использования.
Трансформация структуры и функции аграрных ландшафтов наблюдается при создании ирригационных сооружений (водохранилищ, каналов и др.) водная мелиорация - один из эффективных факторов регуляции и оптимизации водного режима почв и повышения урожайности возделываемых сельскохозяйственных культур. Однако ирригация, проводимая без учета экологических законов, может стать причиной неблагоприятных изменений в природе. Перераспределение водных масс в ландшафтах нередко приводит к повышению уровня грунтовых и поверхностных вод в одном месте и понижению - в другом. При повышении уровня грунтовых и поверхностных вод происходит заболачивание и засоление полей, садов, огородов, пастбищ. Значительное снижение уровня грунтовых вод становится причиной иссушения почв и снижения их плодородия. Водный режим почв может изменяться как на относительно небольшом, ограниченном участке ландшафта, так и на обширной территории. Примером негативных изменений водного режима большого региона может служить обмеление Аральского моря. В бассейне Арала широко развито орошаемое земледелие. Безвозвратное водопотребление региона, прилегающего к Аралу, составляет приблизительно 60 млрд. м3в год больше суммарного стока рек Сырдарьи и Амударьи. В результате этого уровень Аральского моря резко понизился, а соленость воды повысилась. Природно - климатические условия изменились не только в бассейне Арала, но далеко за его пределами. Условия для развития растениеводства, животноводства и рыболовства ухудшились.