Академия как высшее учебное заведение появилась в 1866 г., когда при Аудиторском училище был открыт офицерский класс, преобразованный в 1867 г. в Военно-юридическую академию, куда принимались лица, прослужившие в офицерских чинах не менее 4 лет, по экзамену (и выдержавшие предварительный экзамен при окружном штабе). С 1868 г. требовалось не менее 2 лет из 4 прослужить на строевых должностях. Ежегодно принимали не более 25 человек. В 1876-1878 гг. вместо академии существовало Военно-юридическое училище, в 1878 году вновь замененное академией.
Срок обучения в академии был 3-летним: два общих юридических класса и специальный – военно-юридический (гражданские чиновники с высшим образованием принимались сразу в старший класс). Основными предметами были военно-уголовное законодательство, военно-уголовное и военно-административное судопроизводство, история военного законодательства, государственное и гражданское право, а кроме того, история русского права, энциклопедия права, финансовое, полицейское, международное и церковное право, политическая экономия, судебная медицина, психология и логика. По успехам выпускники делились на два разряда. Во время первой мировой войны занятия в академии были прекращены. За всё время своего существования академия выпустила 1499 человек, в 1. ч. в 1868-1876 гг. – 201, в 1879-1900 гг. – 882 и в 1901- 1914 гг. – 416.