После рассмотрения в Негласном комитете царским указом от 8 сентября 1802 года была проведена реформа высших государственных учреждений. Вместо введенных Петром 1 коллегий были учреждены министерства: военное, военно-морское, иностранных дел, внутренних дел, коммерции, финансов, народного просвещения, юстиции, в которых вводилось строгое единовластие министра. А также было введено Государственное казначейство на правах министерства. Началось составление единого бюджета государства, но из-за значительного дефицита, бюджет был строго секретным. Отчитывался министр непосредственно перед императором и от него же получал распоряжения по важнейшим вопросам. Министры и главноуправляющие на правах министров образовывали Комитет министров, статус которого был определен лишь в 1812 году (в 1857 году он был преобразован в Совет министров, просуществовавший до 1917 года). Комитет становился совещательным органом при императоре. Это последнее впервые появилось в системе центральных российских учреждений. Создание министерств было призвано укрепить единоначалие в государственном управлении, постепенно вытесняя коллегиальность. Прежние коллегии подчинены министерствам или вошли в новые министерства, как их департаменты. Главным отличием новых органов центрального управления была их единоличная власть: каждое ведомство управлялось министром вместо прежнего коллегиального присутствия, каждый министр был подотчетен Сенату. Такова была первая попытка перестройки центрального управления, предпринятой новым императором. Эта мера, конечно, укрепила центральное управление. Но решительной победы борьбе с безответственностью, казнокрадством и взяточничеством достигнуто не было. В новых министерствах поселились старые пороки.
По этому поводу интересную мысль высказал Н.М. Карамзин: «…Движимый любовью ко всеобщему благу, Александр хотел лучшего, советовался и учредил министерства «…» Прежде всего заметим излишнюю поспешность в сем учреждении: министерства установлены и приведены в действие, а не было еще наказа министрам, то есть верного ясного руководства в исполнении важных из обязанностей! Теперь спросим о пользе. Министерские бюро заняли место коллегий. Где трудились чиновники, президент и несколько заседателей, имея долговременный навык и строгую ответственность правительствующего места, - там увидели мы маловажных чиновников, директоров, экспедиторов, столоначальников, которые под защитой министерства действуют без всякого опасения…» [2]
Изменения в системе государственного управления не могли не отразится на положении православной церкви, которая во многом была частью государственного аппарата. Высшее церковное правительство - Синод - по своему устройству было подобием петровских коллегий: поскольку во всех отраслях государственной жизни утвердилось единозначие, пришедшее на смену коллегиальности, то подобные процессы не могли не затронуть и сферу церковного управления. Здесь единовластным начальником становится государственный чиновник - обер-прокурор, который в XVIII веке лишь наблюдал за действиями и законностью решений Синода.
Одновременно была осуществлена реформа Сената, который в указе от 8 сентября 1802 года определялся как «верховное место империи», «хранитель законов», чья власть «ограничивается единою властию императорского величества». Всем министрам предписывалось подавать в Сенат ежегодные отчеты. Указ давал Сенату право ставить вопрос о пересмотре законов, если они не соответствовали действующим. Но вскоре Сенат фактически был низведен до прежнего положения.
