Воды поверхностных водоёмов открыты для всех видов контаминации. Загрязнение их микроорганизмами, попадающими со сточными, ливневыми, талыми водами, резко изменяет микробный пейзаж и санитарный режим водоёма. Основной путь микробного загрязнения водоёмов — попадание неочищенных городских отходов и сточных вод в близлежащие озёра, пруды, реки. При паводках, разливах рек, наводнениях или сильных ливнях возможно переполнение колодцев, родников и попадание в них сточных вод. Количество микроорганизмов в воде поверхностных стоков в весенне-паводочный период увеличивается до 2,8–3 млн в 1 мл. В период паводка возможно вторичное загрязнение водопроводной сети. Микрофлора хозяйственно-фекальных сточных вод состоит из микроорганизмов, выделяемых из кишечника человека и животных, среди которых имеются представители нормальной и условно-патогенной флоры (эшерихии, энтерококки, клебсиеллы, клостридии, грибы рода Candida, простейшие и др.), но могут находиться и патогенные — возбудители кишечных инфекций (сальмонеллы, шигеллы, вибрионы, возбудители туляремии, иерсинии, лептоспиры, вирусы полиомиелита, гепатитов А, Е и др.). Опасность заражения последними особенно велика, если в водоёмы попадают недостаточно обеззараженные сточные воды инфекционных больниц. Контаминация воды водоёмов происходит также при купании людей, скота и стирке белья. Однако вода не является средой, благоприятной для размножения патогенных микроорганизмов, для которых естественные биотопы — организмы человека или животных. На жизнеспособность патогенных бактерий влияет сопутствующая, конкурентная флора (микробы-антагонисты, фаги, простейшие, водоросли), а также температура, инсоляция, различные химические вещества и т.д.
