В период между защитой диссертации и габилитацией Вебер занимался изучением современной социальной политики. В 1888 году он присоединился к Союзу социальной политики (нем. Verein für Socialpolitik)[18] — недавно созданной профессиональной ассоциации немецких экономистов исторической школы. Представители союза придерживались мнения о том, что экономическая наука является в первую очередь инструментом для решения социальных проблем соответствующей эпохи. Тогда же Вебер дебютировал в политике, присоединившись к левоцентристской организации «Евангелический социальный конгресс (англ.)русск.»[19]. В 1890 году по инициативе Союза социальной политики стартовала программа по изучению так называемого «польского вопроса», Остфлюхта: польские фермеры из восточной части страны массово мигрировали в стремительно развивающиеся города германского запада[2]. Вебер возглавил группу исследователей и стал автором значительной части итогового доклада Союза по данной теме[2][18]. Доклад привлёк внимание многих экспертов и стал поводом для широких дискуссий, а Вебер впервые заявил о себе как об исследователе в области социологии[2]. В 1893—1899 годах учёный входил в состав крайне правой политической организации «Пангерманский союз» (нем. Alldeutscher Verband), члены которой протестовали против дальнейшей миграции поляков. Впрочем, степень поддержки Вебером идей германизации славянского этноса и других националистических проектов ныне является предметом дискуссий[20][21]. В ряде работ, в частности, в противоречивой лекции «Национальное государство и экономическая политика» (1895) социолог выступает против иммиграции поляков и обвиняет в сложившейся ситуации класс юнкеров, интересам которых наплыв славян вполне соответствовал[22].
Портрет Марианны Вебер, 1896 год.
В 1893 году Вебер женился на далёкой родственнице Марианне Шнитгер. Супруга социолога, сама занимавшаяся наукой, впоследствии занялась защитой прав женщин[2][23]. После смерти Вебера она собирала и публиковала труды мужа, а её биографическая книга пролила свет на многие стороны жизни учёного[24][25]. Брак Веберов был бездетным, более того, считается, что не имела место даже консуммация[13]. Женитьба на Шнитгер позволила Веберу обрести долгожданную финансовую независимость, и он наконец смог покинуть дом семьи[11]. В 1894 году Вебер с женой переехали во Фрайбург, где социолог стал университетским преподавателем экономики[16][17]. Спустя два года он занял аналогичную позицию в Гейдельбергском университете[16][17]. Там учёный стал центральной фигурой сообщества интеллектуалов, «круга Вебера», объединившем также Марианну, Георга Еллинека, Эрнста Трёльча, Вернера Зомбарта, Марка Блока, Роберта Михельса и Дьёрдя Лукача[2]. Продолжая деятельность в Союзе социальной политики и Евангелическом конгрессе[2], Вебер сконцентрировался на изучении экономики и истории права[26].
В 1897 году, через два месяца после тяжёлой ссоры с сыном скончался Вебер-старший[2][27]. Это обстоятельство положило начало усиливавшимся со временем депрессии, нервозности и бессонницы сына, что отрицательно сказалось на его способности преподавать[8][16]. Состояние здоровья вынудило Вебера сократить рабочее время и даже прервать учебный курс осенью 1899 года. После нескольких месяцев в санатории Веберы отправились в конце 1900 года в Италию и вернулись в Хайдельберг лишь весной 1902 года. Тем не менее, уже в следующем году профессор снова отказался от преподавания и не работал со студентами до 1919 года. Хронология тяжёлого периода жизни и прогрессировавших отклонений психики была в деталях описана самим Вебером, однако записи были уничтожены Марианной. Предполагается, что причиной этого поступка стала боязнь огласки психических расстройств учёного, которая позволила бы нацистам раскритиковать его труды[2][28].