Жер қойнауын пайдаланушы төлейтін арнайы төлемдер мен салықтарға не жатады.

Қазақстан Республикасының заңнамасында айқындалған тәртіппен жасалған жер қойнауын пайдалануға арналған келісімшарттардың шеңберінде жер қойнауын пайдалану бойынша операцияларды жүргізген кезде жер қойнауын пайдаланушылар барлық салықтарды және бюджетке төленетін басқа да міндетті төлемдерді төлейді.Жер қойнауын пайдалану жөніндегі операцияларды жүргізген кезде жер қойнауын пайдаланушылардың арнаулы төлемдері мен салықтарын есептеу және төлеу тәртібін, сондай-ақ өнімді бөлу туралы келісімнің шеңберінде жүзеге асырылатын қызмет бойынша салық міндеттемелерін орындау ерекшеліктерін белгiлейдi. Жер қойнауын пайдаланушылардың арнаулы төлемдері мен салықтары келесідей:

1) жер қойнауын пайдаланушылардың арнаулы төлемдерін:қол қойылатын бонусты; коммерциялық табу бонусын;тарихи шығындарды өтеу бойынша төлемдерді;

2) пайдалы қазбаларды өндіру салығын;

3) үстеме пайда салығын қамтиды.

Кен орындары рентабельдігі төмен, қоюлығы жоғары, суланған, шағын дебетті және игерілген санатқа жатқызу тәртібін, олардың тізбесі мен салық салу тәртібін пайдалы қазбаларды өндiру салығы бөлігінде Қазақстан Республикасының Үкіметі айқындайды. Жер қойнауын пайдаланушы жер қойнауын пайдалануға жасалған әрбір келісімшарт шеңберінде жүзеге асырылатын қызмет бойынша, сондай-ақ рентабельдiгi төмен, өте тұтқыр, су басқан, дебетi аз және қазылған кен орындарын (кен орындары тобын, осындай кен орындары тобы бойынша қызметті жүзеге асырған кезде кен орындарының бір бөлiгiн, бір келісімшарт шеңберіндегі кен орындарының бір бөлігін) әзірлеу кезінде, осындай кен орындары (кен орындарының тобы, бір келісімшарт шеңберіндегі осындай кен орындарының тобы бойынша қызметті жүзеге асырған кезде кен орындарының бір бөлiгi) бойынша салық және бюджетке төленетін басқа да мiндеттi төлемдерді осы Кодексте белгіленгендерден ерекшеленетін тәртіппен және ставкалар бойынша есептеген жағдайда, салық мiндеттемелерiн есептеу үшін бөлек салық есебін жүргізуге мiндеттi.