С каждым разделяемым файлом обычно связан список управления доступом (Access Control List, ACL), обеспечивающий защиту данных от несанкционированного доступа. В том случае, когда локальная файловая система поддерживает механизм ACL для файлов и каталогов при локальном доступе, сетевая файловая система использует этот механизм и при доступе по сети. Если же механизм защиты в локальной файловой системе отсутствует, то сетевой файловой системе приходится поддерживать его самостоятельно, иногда — упрощенным способом, защищая разделяемый каталог и входящие в него файлы и подкаталоги как единое целое, В Windows NT/2000 существуют два механизма защиты — на уровне разделяемых каталогов и на уровне локальных каталогов и файлов. Последний работает только в том случае, когда в качестве локальной файловой системы используется система NTFS, поддерживающая механизм ACL. Механизм защиты разделяемых каталогов нужен для того, чтобы защищать данные, хранящиеся в локальной файловой системе FAT, не имеющей механизмов защиты. В том случае, когда работают оба уровня защиты, у пользователей и администраторов могут иногда возникать некоторые логические сложности, связанные с определением реальных прав доступа как комбинации нескольких правил.
