Собственную философскую систему Фихте назвал «наукоучением». С одной стороны, наукоучение выступает как «наука наук», обосновывающая аксиомы частных дисциплин. С другой стороны, оно представляет собой исследование природы и законов человеческого духа, или «Я». Наукоучение мыслилось им как дедуктивная система, базирующаяся на одной основной и двух вспомогательных самоочевидных аксиомах, или «основоположениях». Полнота системы обеспечивается тем, что цепь умозаключений замыкается на себя, ее конец совпадает с началом. Эта новаторская особенность методологии Фихте позволяет видеть в его философии некий круг, главным предметом истолкования в котором оказывается Я, причем как человеческое, так и божественное.
На протяжении сотен страниц «Основы общего наукоучения» Фихте как бы пытается допустить возможность совмещения существования абсолютного Я с человеческим самосознанием. В итоге, однако, выясняется, что первое находится в человеческой душе лишь в виде идеала. «Я» появляется уже в первом основоположении наукоучения, которое звучит так: «Я есть Я». В этой самоочевидной формуле, на которую Фихте натолкнуло кантовское учение о «трансцендентальном единстве апперцепции», Фихте видел раскрытие сущности самосознания как единства сознающей деятельности и его результата. Акт самосознания ничем не обусловлен, спонтанен. В нем обнаруживается изначальная свобода человека, единство теоретического и практического.
Второе основоположение, по содержанию зависимое от первого, но безусловное по форме, гласит «не-Я не есть Я». Смысл этого тезиса состоит в признании фактической направленности человеческого сознания на предметы. Специфика этого основоположения позволяло Фихте говорить об «эмпиризме» наукоучения. Двойственная природа сознания, содержащего Я и не Я, фиксируется в третьем (безусловном по содержанию, но обусловленном по форме) основоположении: «Я противополагает в Я делимое Я делимому не-Я». Из этого положения берет непосредственное начало как теоретическая, так и практическая философия Фихте. По сути же, вся метафизика Фихте является попыткой ответа на вопрос о возможности опыта сознания, который оказывается проблематичным из-за наличия в нем противоположностей Я и не-Я.
