Поджелудочный проток расположен выше общего желчного протока, оба протока обычно соединяются до входа в нисходящую часть двенадцатиперстной кишки. Общий проток, иногда называемый ампул-лой Ватера, находится на уровне задне-медиальной части двенадцатиперстной кишки, где входит через большой сосочек двенадцатиперстной кишки. Меньший дополнительный проток (проток Санторини) начинается на уровне шейки поджелудочной железы и входит в двенадцатиперстную кишку через малый дуоденальный сосочек, на 2-3 см выше большого.
Поджелудочная железа может секретировать 1,5-2,0 литра пищеварительных соков в день. В периоды голодания секреция значительно снижается. У 70% людей общий желчный проток и поджелудочный проток имеют один общий канал (см. выше), составляющий около 5 см в длину, что создает возможности рефлюкса в обоих направлениях. Аномальное движение желчи в поджелудочную железу способно вызвать деструкцию и липидический некроз паренхимальных клеток. Растворение некротических клеток (по данным аутопсии) происходит в течение 24 часов. Как правило, подобный рефлюкс желчи в поджелудочную железу отсутствует благодаря более высокому давлению в поджелудочном протоке по сравнению с желчными протоками. Исключения возникают при физиологических диффункциях мочевого или общего желчного протока, либо при повышении давления внутри протоков вследствие патологических процессов, таких как холецистит или наличие камней.
