Когнитивная психотерапия первоначально была создана для лечения депрессий (и достигла больших успехов на этом поприще, показав эффективность, сопоставимую с эффективностью антидепрессивной фармакотерапии (Robinson L, Berman J, Neimeyer R., 1990)), однако данный вид психотерапии успешно применялся также в семейной психотерапии, при лечении тревожных расстройств, личностных расстройств, в работе с клиентами с посттравматическим стрессовым расстройством, шизофренией, гипертонией, диссоциативными расстройствами, зависимостями и т. д. Когнитивная психотерапия зарекомендовала себя адекватный и эффективный метод психотерапии при тех состояниях, в патогенезе которых важную роль играют дезадаптивные когниции.
Существуют достоверные научные данные о высокой эффективности когнитивной психотерапии не только при психотерапии депрессии, но и при терапии ряду других расстройств. С. Хофман и Д. Шпигель (1999), свидетельствуют о преимуществах когнитивной терапии при лечении тревожных расстройств, указывая на сопоставимое с фармакотерапией действие во время лечения и заметно более высокие результаты после завершения лечения, когда успех фармакотерапии может свестись до нуля, в то время как результаты психотерапии продолжают сохраняться. Когнитивная терапия сопоставима по своей эффективности с экспозиционными методиками при лечении обсессивно-компульсивного расстройства (J.Abramowitz, 1997) и социальной фобии (S.Taylor, 1996). Когнитивная терапия успешно применялась в лечении панического расстройства (M. Gelder, D. Clark, P. Salkovskis, 1993) булимии (M. Whittal, W. Agras, R. Gould, 1999) и в семейной психотерапии (R. Dunn, A. Schewebel, 1995).
Противопоказаниями к проведению когнитивной психотерапии являются тяжёлые расстройства восприятия (галлюцинации и т. д.); существенное ухудшение памяти и других когнитивных способностей (например, при психоорганическом синдроме). В то же время недостаточно высокий интеллект не является противопоказанием к проведению когнитивной терапии: исследования Бека не обнаружили статистически достоверных связей между эффектом психотерапии и уровнем интеллектуального развития.