В то же время процесс становления кредитной системы выявил определенные недостатки. Они выразились в нарушениях во всех звеньях: продолжают образовываться и существовать мелкие учреждения (банки, страховые компании, инвестиционные фонды), которые из-за слабой финансовой базы не могут справляться с потребностями клиентов; коммерческие банки и другие учреждения в основном проводят краткосрочные кредитные операции, недостаточно инвестируя свои средства в промышленность и другие отрасли. [3]
Многие вновь созданные кредитно-финансовые институты, страховые компании и инвестиционные фонды занимаются несвойственной им деятельностью: привлекают вклады населения, выполняя функции коммерческих и сберегательных банков. Ряд инвестиционных фондов, финансовых компаний и банков построили свою деятельность не на подлинной коммерческой основе, а по принципу пирамиды.
Это вызвало волну банкротств в 1993-1994 гг. Кроме того, высокие ставки на краткосрочные кредиты вели к необоснованному росту прибылей, которые в последующем конвертировались в иностранную валюту, что обесценило рубль и привело к усилению инфляции. Поэтому многие стороны деятельности банковской системы Российской Федерации нуждались в дальнейшем совершенствовании.