Хроматографическая колонка представляет собой стеклянную трубку типа бюретки общей длиной 30 см и с поперечным сечением (внутренним) в 1 см. В верхней части трубки имеем расширение длиной 3 см, с поперечным сечением 2 см, представляющее воронку для наполнения колонки раствором. Длина цилиндрической части колонки 22 см. В нижней части трубки, на высоте 0,5 см от нижнего сужения трубки, впаяна пористая стеклянная пластинка – фильтр №1. Вместо этой пластинки в трубку можно помещать тампон из обычной или стеклянной ваты. Ниже фильтра просвет трубки сужается до 0,5 см и к трубке припаян, как у бюретки, стеклянный кран.
Хроматографическую колонку укрепляют в лапке штатива в вертикальном положении. Стеклянный кран закрывают и трубку наполняют на ¾ дистиллированной водой. Навеску набухшего ионита смывают по стеклянной палочке дистиллированной водой в хроматографическую трубку, одновременно открывая стеклянный кран. Нужно строго следить, чтобы между зернами ионита в колонке не задерживались пузырьки воздуха (оставшиеся пузырьки воздуха можно удалить, пропуская через колонку ионита сильную струю воды снизу вверх). Когда слой зерен ионита достигнет высоты 8 – 12 см, закрывают стеклянный кран и сверх колонки ионита помнщают ватный тампон, чтобы не всплыли зерна ионита. Над ватным тампоном должен всегда находиться слой жидкости в 1 см.