Шотландцы, боявшиеся вновь стать зависимыми от Англии, быстро признали своим монархом Карла II, сына покойного короля. Ирландцы воспользовались обстоятельствами и подняли очередное восстание. В самой Англии среди пуритан-индепендентов возникли разногласия. Все большую силу набирали " диггеры" - одно из самых радикальных ответвлений этого движения. Они призывали к установлению нового общественного порядка, при котором право на обладание собственностью должно принадлежать всем. Своей пропагандой они угрожали интересам торгово-купеческих слоев, ранее поддерживавших парламент в его противоборстве с королем. В то же время пресвитериане продолжали настаивать на принципах общенациональной церкви, что с точки зрения индепендентов было тиранией. Короче говоря, стране угрожал хаос.
Тогда бразды правления взял в свои руки Кромвель. Он не участвовал в чистке парламента, но одобрил ее, и от имени " охвостья" парламента сначала подавил восстание ирландцев, а затем положил конец всплеску роялистских настроений в Шотландии. Карл II был вынужден бежать на континент. Затем Кромвель решил сделать то, чего не сумел король: когда " охвостье" парламента приступило к обсуждению закона, который должен был увековечить его власть, Кромвель явился на заседание, изгнал из помещения немногих остававшихся там делегатов и опечатал его. Тем самым, возможно даже против собственной воли, он стал хозяином страны. В течение некоторого времени он пытался вернуться к какой-то форме представительного управления, но в конце концов принял титул " лорда-протектора". Теоретически он должен был править с помощью парламента, состоявшего из представителей Англии, Шотландии и Ирландии. Но на самом деле парламент состоял по преимуществу из англичан, а реальная власть принадлежала Кромвелю.
Кромвель разработал программу реформирования как церкви, так и государства. С учетом атмосферы в стране его религиозная политика выглядела достаточно терпимой. Сам он был индепендентом, но старался установить такую религиозную систему, где нашлось бы место пресвитерианам, баптистам и даже умеренным сторонникам епископского правления. Будучи пуританином, он пытался также реформировать нравы и обычаи в стране путем принятия законов, касающихся воскресенья, скачек, петушиных боев, театральных представлений и так далее. Его экономическая политика благоприятствовала среднезажиточным слоям населения в ущерб интересам аристократии и в определенной мере бедноты. Сопротивление протекторату росло как среди самых богатых, так и среди самых бедных.
При жизни Кромвелю удавалось сохранять контроль над страной. Но его мечты о создании сильной республики не исполнились. Как и короли до него, он не ладил с парламентом даже при том, что сторонники Кромвеля силой не допускали туда его противников, превратив тем самым парламент в новое " охвостье". Протекторат был по сути своей временным явлением, и Кромвелю предложили королевскую корону, но он отказался, все еще надеясь установить республиканский строй. В 1658 году, незадолго до смерти, он назначил преемником своего сына Ричарда. Но молодой Кромвель не обладал способностями отца и сложил с себя доверенные ему полномочия.
