С установлением режима личной власти Сталина началось угасание творческих поисков в философии, которая все более политизировалась. Он рекомендовал перекопать весь «навоз», накопившийся в философии и естествознании, «разворошить» все написанное «деборинцами». Лица, пришедшие к руководству философской наукой, под видом укрепления партийной линии фактически возвеличивали Сталина как философа. Философию стали трактовать как форму политики. Широкое распространение получила вульгаризация методологической роли философии. Призывы к преодолению «отрыва» философской теории от практики, развитию «прикладных» вопросов философии на деле оборачивались профанацией. Появились статьи на темы: «Диалектика двигателя внутреннего сгорания», «За партийность в математике», «О марксистско-ленинской теории в кузнечном деле» и т. п.
Тенденции к возвеличиванию Сталина особенно усилились после опубликования его работы «О диалектическом и историческом материализме» в качестве главы в «Кратком курсе истории ВКП(б)» (1938). Эта работа вскоре была объявлена «вершиной» марксистской философии. В действительности же ей присущи схематизм и упрощенчество. В представлении Сталина диалектический метод и материалистическая теория (как две составные части диалектического материализма) — это учение об одном и том же: о бытии, о мире, о законах («чертах») объективной действительности. Под методом познания он фактически понимал только сами законы развития объективного мира. Закон единства и борьбы противоположностей сводился к закону их борьбы. Закон отрицания отрицания вовсе устранялся (как некий «пережиток» гегельянства). Из абстрактных философских посылок «напрямую» выводились конкретные политические рекомендации.
В эти трудные годы наблюдались и некоторые позитивные явления. Вышли в свет три тома всемирной «Истории философии» (1940—1943), началось изучение истории философии народов СССР, прежде всего русской философии, было преодолено былое нигилистическое отношение к формальной логике. В августе 1947 г. вышел первый номер журнала «Вопросы философии» (главный редактор Б. М. Кедров). Публиковались работы по истории философии (В. Ф. Асмус, И. К. Луппол и др.).
Большое влияние на идейно-философский климат в стране оказала дискуссия 1947 г. по книге Г. Ф. Александрова «История западноевропейской философии», проведенная под руководством А. А. Жданова. Последний определил всю историю домарксистской философии как «ненаучную» и противопоставил ей «научную марксистскую философию». Современные течения немарксистской философии фактически отождествлялись с буржуазной идеологией. Вместе с тем Жданов отмечал, что диалектический материализм является не наукой наук, а инструментом познания. Марксистская философия не должна пытаться встать над другими науками. В результате уже тогда значительно возрос удельный вес исследований по проблемам теории познания и диалектической логики, состоялись дискуссии о соотношении диалектической и формальной логики.