Помощь федерального бюджета субъектам РФ в финансировании ЖКХ до настоящего времени оказывалась косвенным образом. Затраты учитывались в числе прочих факторов при определении размера трансфертов региону из федерального фонда финансовой поддержки. Аналогично компенсировались расходы местных бюджетов за счет региональных. Изменение действующей системы межбюджетных отношений повлекло за собой создание в 2002 г. нового федерального Фонда софинансирования социальных расходов (ФССР). Его основное назначение — возмещение на долевой основе расходов консолидированных бюджетов субъектов РФ на предоставление субсидий малообеспеченным гражданам по оплате жилья и коммунальных услуг.
Основная же доля расходов по предоставлению гражданам льгот возмещается субъектами РФ за счет федерального фонда компенсаций в виде субвенций.
В бюджетах большинства территорий предусматриваются целевые средства на возмещение коммунальным предприятиям разницы в тарифах на тепло-энергию, отпускаемую для отопления жилых домов всех форм собственности. Данные средства перечисляются напрямую поставщиками тепловой энергии и горячей воды, при этом размер платы для граждан соответственно снижается. К финансированию расходов по содержанию и эксплуатации объектов благоустройства и дорожного хозяйства помимо средств бюджета привлекаются средства сохранившихся в ряде субъектов РФ территориальных дорожных фондов. За счет средств данных фондов выполняются работы по капитальному ремонту и реконструкции объектов коммунальной сферы, дорог, мостов, набережных и т.п.
Внебюджетные источники финансирования прежде всего включают в себя собственные доходы жилищно-коммунальных предприятий, полученные от юридических и физических лиц за реализацию им тех или иных услуг. Независимо от правового статуса основным источником организаций жилищной сферы являются плата за сдаваемые внаем квартиры и нежилые помещения, а также плата за техническое обслуживание жилья и сборы с арендаторов. Кроме квартирной, арендной платы и доходов, полученных с пользователей за эксплуатацию жилых и нежилых помещений, доходами жилищных организаций могут быть: поступления от жилищно-строительных кооперативов за обслуживание принадлежащего им жилого фонда; доходы от платных услуг, оказываемых службами жилищной организации населению и юридическим лицам; прочие доходы.