Классификация и номенклатура ферментов

1. Ферменты называются добавлением суффикса –аза к названию субстрата, на который данный фермент действует. Например, уреаза катализирует гидролиз мочевины; ферменты, гидролизующие крахмал (амилон), были названы амилазами; гидролизующие жиры (липос) – липазами; фермент, гидролизующие белки (протеины) – протеиназами.

2. Используются названия для групп ферментов, катализирующих сходные реакции. Например, ферменты, которые переносят остаток фосфорной кислоты от АТФ на другую молекулу, называются киназами.

3. Тривиальные названия не показывают механизма действия, но они широко используются. Например, пепсин, трипсин и др.

4. Международный Совет Биохимиков (IUB) предложил систематическое название и классификацию ферментов по типу и механизму катализируемой реакции.

4.1. Согласно этой системы все ферменты разделены на 6 классов, каждый из которых имеет определенный номер: 1) оксидоредуктазы (окислительно-восстановительные реакции); 2) трансферазы (реакции межмолекулярного переноса различных групп); 3) гидролазы (разрыв связей в субстратах с присоединением воды); 4) лиазы (разрыв связей в субстратах без присоединения воды); 5) изомеразы (реакции изомеризации); 6) лигазы(синтетазы) (реакции синтеза с использованием энергии АТФ). Название класса указывает на тип химической реакции, катализируемой ферментами. Классы делятся на подклассы, а те, в свою очередь, на подподклассы. Подкласс уточняет действие фермента, т.к. указывает на природу химической группы субстрата, атакуемой ферментом. Подподкласс уточняет природу атакуемой связи субстрата или природу акцептора, который участвует в реакции

4.2. Систематическое название фермента складывается из названия субстратов (субстратов) химической реакции, которую катализирует фермент, названия типа химической реакции и суффикса – аза. Например, систематическое название лактатдегидрогеназы следующее:

L-лактат: НАД⁺ - Оксидоредуктаза.

I субстрат II субстрат тип реакции

4.3. Дополнительная информация, если она необходима для уточнения, заключается в скобки. Например, фермент, катализирующий реакцию L-малат + NAD⁺ = пируват +СО₂ +NADH + H⁺, имеет номер 1.1.1.37 и называется L-малат: NAD⁺ оксидоредуктаза (декарбоксилирующая).

4.4. Каждый фермент имеет специальный шифр, состоящий из 4-х кодовых чисел, разделенных точками; первая цифра характеризует класс реакции, вторая – подкласс, третья – подподкласс, четвертая указывает порядковый номер фермента в его подподклассе. Например, лактатдегидрогеназа имеет шифр 1.1.1.27, т.е. фермент относится к 1-му классу (оксидоредуктазы), к 1-му подклассу (оксидоредуктазы, действующие на СН-ОН-группировки в качестве доноров атомов водорода), к 1-му подподклассу (акцептором атомов водорода служит никотинамидадениндинуклеотид) и занимает 27-ю позицию в перечне ферментов упомянутого подкласса.

4.5. В связи со значительным усложнений названий ферментов в новой номенклатуре и живучестью тривиальных названий иногда допускается использование последних в публикациях.