Невозможность работы с файлами размером более 2 Гб;
Невозможность работы с жесткими дисками емкостью более 8 Гб;
Ограниченный размер корневой папки, которая может содержать не более 512 элементов.
Файловая система FAT32 представляет собой усовершенствованную версию FAT16, предназначенную для использования на разделах емкостью до 2 Терабайт. FAT32 появилась в Windows 95 OSR2, является основной файловой системой в Windows 98⁄ME и может использоваться в Windows 2000⁄XP. Разработка FAT32,была обусловлена необходимостью поддержки больших (более 8 гигабайт) жестких дисков и невозможностью встраивания какой-либо более сложной файловой системы в MS DOS, которая лежит в основе Windows 95⁄98⁄ME. Для обеспечения максимальной совместимости с существующими прикладными программами, сетями и драйверами устройств FAT32 была реализована с минимум возможных изменений в архитектуре и внутренних структурах данных. Главными отличиями FAT32 от FAT16 являются 28-разрядные номера кластеров, меньший, по сравнению с FAT 16, размер кластера и более гибкая организация корневого каталога, который не ограничен в размере. Однако при небольших размерах кластера, но больших размерах раздела увеличивается размер таблицы расположения файлов, что может замедлить загрузку операционной системы и файловые операции.