Основной задачей инквизиции являлось определение, является ли обвиняемый виновным в ереси.
С конца XV века, когда в Европе начинают распространяться представления о массовом присутствии заключивших договор с нечистой силойведьм среди обычного населения, в её компетенцию начинают входить процессы о ведьмах. В то же время подавляющее число приговоров о ведьмах вынесли светские суды католических и протестантских стран в XVI и XVII веках. Хотя инквизиция действительно преследовала ведьм, точно так же поступало и практически любое светское правительство. К концу XVI века римские инквизиторы начали выражать серьёзные сомнения в большинстве случаев обвинения в ведовстве. Также в компетенцию инквизиции с 1451 года Папа Николай V передал дела о еврейских погромах. Инквизиция должна была не только наказывать погромщиков, но и действовать превентивно, предупреждая насилие.
Юристы католической церкви огромное значение придавали чистосердечному признанию. Кроме обычных допросов, применялась, как и в светских судах того времени, пытка подозреваемого. В том случае, если подозреваемый не умирал в ходе следствия, а признавался в содеянном и раскаивался, то материалы дела передавались в суд. Внесудебных расправ инквизиция не допускала.
