Хроматография на бумаге по механизму разделения является распределительной. Метод основан на различии в коэффициентах распределения между двумя несмешивающими фазами. Неподвижная фаза в этом случае удерживается в порах специальной хроматографической бумаги, которая служит носителем. ПФ продвигается вдоль листа бумаги, главным образом благодаря капиллярным силам. Как и в случае ТСХ, для количественной оценки подвижности веществ используется параметр Rf, равный отношению скорости движения зоны определенного компонента к скорости движения фронта подвижной фазы. На подвижность веществ в условиях хроматографии на бумаге влияет не только коэффициент распределения, но и взаимодействие их с волокнами, условия проведения эксперимента и характеристика бумаги. Методика хроматографирования на бумаге аналогична ТСХ.
Хроматографическая бумага должна быть чистой, однородной по плотности, структуре и ориентации волокон. В простых случаях используют плотные сорта фильтровальной бумаги. Обычная бумага гидрофильна и содержит до 20 % влаги, что является вполне достаточным количеством в том случае, когда НФ служит вода, а ПФ - несмешивающийся с водой органический растворитель. Если же бумагу предварительно пропитать гидрофобными веществами или подвергнуть специальной химической обработке для устранения гидроксильных групп целлюлозы, то можно реализовать обращенно-фазовый вариант бумажной хроматографии. ПФ в обращенно-фазовом варианте служат вода и смеси воды с полярными органическими растворителями.
В хроматографии на бумаге, как и в других видах хроматографии, большое значение имеет правильный выбор ПФ и НФ. Эти фазы не должны смешиваться друг с другом. Анализируемые вещества должны растворяться в НФ лучше, чем в ПФ, иначе они будут двигаться со скоростью движения фронта элюента.
Одним из преимуществ бумажной хроматографии является ее чувствительность; бумажную хроматографию широко применяют в качественном анализе, а также для количественного определения компонентов смеси после их разделения. Количественный анализ в хроматографии на бумаге также аналогичен методам, применяемым в ТСХ.
