Следует определить несколько стадий развертывания IDS, чтобы персонал мог получить опыт и создать необходимый мониторинг и необходимое количество ресурсов для функционирования IDS. Требуемые ресурсы для каждого типа IDS могут сильно различаться, в частности, и в зависимости от системного окружения. Необходимо иметь соответствующую политику безопасности, планы и процедуры, чтобы персонал знал, как обрабатывать различные многочисленные сигналы тревоги, выдаваемые IDS.
Для защиты сети предприятия рекомендуется рассмотреть комбинацию network-based IDS и host-based IDS. Далее следует определить стадии развертывания, начиная с network-based IDS, так как они обычно являются более простыми для инсталлирования и сопровождения. После этого следует защитить критичные серверы с помощью host-based IDS. Используя инструментальные средства анализа уязвимостей, следует протестировать IDS и другие механизмы безопасности относительно правильного конфигурирования и функционирования.
Такие технологии, как Honey Pot и аналогичные, должны использоваться только в том случае, если имеется достаточная техническая квалификация администратора. Более того, эти технологии должны использоваться только после анализа существующего законодательства.