Посещая тот или иной экотоп, можно убедиться в том, что лишайники способны поселяться на различных субстратах – обнажениях горной породы, стволах и ветвях деревьев и т. п. Часто лишайники осваивают даже казалось бы самый неожиданный субстрат: кости животных, металлические поверхности,стекло, шифер, полиэтиленовую пленку, рубероид и т. Место обитания (фитоценозы): 1- хвойные: сосновые, еловые; 2- мелколиственные: ольсы- сероольшанники, черноольшанники, березняки- береза пушистая, береза бородавчатая, осинники; 3- широколиственные: кленовники, грабняки, дубравы, ясенники, вязники. Местообитания на древесном субстрате:1- кора живых деревьев: хвойные породы, мелколиственные, широколиственные; 2- валеж: стволы, сучья; 3- пни: с неопавшей корой, гнеющие, с опавшей корой,
Место произростания на почвенном субстрате: 1-песчаные (дюны):речные, озерные; 2- гумус; 3- торфяные (болота): верховые, низинные, переходные; 4- почвы.
Чаще всего выделяется четыре основных субстратных группы лишайников: эпилиты (обитающие на камнях), эпифиты (стволы и ветви деревьев), эпигеиды (почва) и эпиксилы (мертвая древесина). Существуют и более детальные классификации. Детальность классификации субстратных групп зависит от задач, решаемых конкретным исследованием, особенностей изучаемого района или объекта.