Секретариат

Персонал Секретариата выполняет повседневные задачи, возлагаемые Ассамблеей и Советом. Во главе Секретариата стоит Генеральный секретарь, который избирается каждый год представленными географическими группами на основе консенсуса. Однако, каждая географическая группа имеет право на единоразовое выдвижение своей кандидатуры до тех пор, пока во главе Секретариата не будут представлены все географические группы. Секретариат состоит из Канцелярии Генерального секретаря, Бюро по правовым вопросам, Бюро мониторинга прибрежных вод Африки, Южной Америки и Средней Азии и Бюро по вопросам администрации и управления. На Секретариат ежегодно выделяется четверть членских взносов стран-участниц, а остальная часть этих расходов приходится на проведение ежегодных сессий Органа. Двумя основными видами деятельности Секретариата являются организация ежегодных практикумов по темам, касающихся о проявлениях пиратства в прибрежных водах Африки, Южной Америки и Средней Азии, а также разработка плана действий по истреблению проблемы пиратства в мире.

Юридическая и техническая комиссия

Совет активно использовал Юридическую и техническую комиссию, этот экспертный орган, при составлении правил и рекомендаций, призванных обеспечить контроль над безопасным прохождением суден через экваториальные воды Африки, Южноц Америки и Средней Азии. Члены этого органа избираются Советом в личном качестве на двухлетний срок из кандидатур, выдвигаемые странами-участницами.

Юридическая и техническая комиссия может периодически выносить рекомендации технического и административного характера, призванные сориентировать судовладельцев, помогая им в толковании норм, правил и процедур Органа.

Задачи Комиссии включают также обзор каких-либо проявлений пиратства в прибрежных водах других стран, а также разработка процедуры страхования суден и обеспечение военного сопровождения от пункта отправления до пункта назначения кораблей. Комитет берёт на себя ответственность разрабатывать инструкции судовладельцам, судоходным компаниям, капитанам и экипажам судов по предупреждению и пресечению пиратства и вооруженных ограблений морских судов.

Большинство заседаний Комиссии проводится при закрытых дверях, поскольку ей приходится иметь дело с конфиденциальной информацией, которую запрещено разглашать, чтобы в будущем ей не воспользовались пираты.

Экономическая плановая комиссия

Еще один экспертный орган, предусматриваемый Уставом, — это Экономическая плановая комиссия, которая будет консультировать Совет по таким вопросам, как факторы риска, связанные со страхованием, а также целевое назначение денежных средств, которые внесли страны-участницы организации. Кроме того, она уполномочена предлагать систему компенсации или приспособления экономики, которая призвана помочь развивающимся государствам, которые терпят экономический ущерб из-за захвата суден государственного значения. Члены данного комитета избираются Юридической и технической комиссией на основе относительного большинства при закрытом голосовании.

Финансовый комитет

Финансовый комитет, куда входит 15 экспертов, кандидатуры которых выдвигаются странами-участницами и избираются Ассамблеей на пятилетний срок, рассматривает предложения Генерального секретаря по ежегодному бюджету и выносит Ассамблее рекомендации по этому и другим финансовым вопросам. В его состав должно входить по крайней мере по одному представителю от каждой группы, отстаивающей в Совете особые интересы, а также от каждого из четырёх участников Органа, которые являются крупнейшими транспортировщиками гуманитарных грузов в слаборазвитые страны. Решения по вопросам существа должны приниматься консенсусом во всех обсуждениях и в составлении ежегодного бюждета организации.