Регион, который сейчас называют Центральной Америкой и Панамским перешейком, давно привлекал внимание испанских властей. Колумб плавал вдоль его берегов в надежде найти проход на запад. В 1509 году были предприняты первые попытки завоевания и колонизации. Они заканчивались неудачей до тех пор, пока авантюрист по имени Васко Нуньес де Бальбоа не сместил официально назначенного руководителя экспедиции и не взял дело в свои руки. В отличие от большинства других конкистадоров, Бальбоа умел располагать к себе индейцев, хотя и сам был способен на злодеяния. Судя по всему, он дружил с индейцами прежде всего потому, что считал такую тактику наилучшей, чтобы получать у них золото и женщин. Благодаря помощи индейцев ему удалось отправить в Испанию золото в надежде узаконить тем самым свою власть. С их же помощью он дошел до Тихого океана, который назвал " Южным морем".
Отправка золота в Испанию привела к обратным результатам. Власти сочли эту землю слишком ценной, чтобы доверить ее Бальбоа, и в колонию, которую назвали Золотой Кастилией, был назначен другой губернатор. С Бальбоа они не поладили, и в конце концов новый губернатор приговорил своего предшественника к смертной казни. Его политика заключалась в насильственном принуждении индейцев добывать золото. Многих отдали в энкомьенды колонизаторам. Других, кто не мог или не хотел приносить испанцам достаточно золота, истребляли. В конечном счете большинство индейцев разбежались и начали вести против конкистадоров партизанскую войну. Землю не засеивали, и продовольствия было недостаточно. Умерло свыше пятисот испанцев, причем многие из них от голода. Епископ, назначенный для руководства церковью и францисканскими монастырями в колонии, вернулся в Испанию в знак протеста против плохого управления колонией. Прошли десятилетия, прежде чем установилась хоть какая-то видимость порядка.
Наиболее интересной личностью в ранней истории церкви Центральной Америки был, пожалуй, Хуан де Эстрада Раваго - бывший францисканец, лишенный монашества, честолюбивый конкистадор, неудачливый придворный и добровольный миссионер. Он был уже готов вернуться в Испанию во исполнение королевского указа, повелевавшего всем монахам-расстригам покинуть колонии, когда узнал, что на планировавшуюся экспедицию в Коста-Рику не хватает средств. Он предоставил средства и сам присоединился к экспедиции, которую в конце концов возглавил. Он выучил язык индейцев и за одним-единственным исключением воздерживался от применения насилия в отношении к ним. Он ходил по стране, учил христианской вере, крестил людей и основывал церкви. На свои собственные средства он покупал одежду и пищу как для индейцев, так и для поселенцев. К нему присоединились двенадцать францисканцев из Мексики, и церковь быстро росла.
К концу XVI века большинство коренных жителей Центральной Америки называли себя христианами. Но оставались обширные районы, не исследованные испанцами, где индейцы сохраняли древнюю религию и самоуправление. На территориях, считавшихся христианскими, священников не хватало, и их работу крайне затрудняло чувство неприязни, вызванное поведением конкистадоров. Из Золотой Кастилии драгоценного металла поступало не слишком много, и Испания особого внимания на нее больше не обращала.
