Во вторую экспедицию Колумб взял с собой семь миссионеров, главной задачей которых должно было стать обращение индейцев. Но на подходе к небольшому форту, который Колумб основал на Эспаньоле (ныне Гаити), испанцы получили удручающее известие. В результате злоупотреблений, эксплуатации и насилия со стороны испанцев индейцы взбунтовались, разрушили форт и перебили весь гарнизон. Колумб приказал " восстановить порядок" на острове, дав своим помощникам указание отрезать нос и уши у всех, кто не захочет подчиниться. Но вскоре бунтовщики появились и среди испанцев. Сообщения о злоупотреблениях и самоуправстве в колонии побудили Изабеллу к решительным действиям - Колумб был смещен с должности и в цепях отправлен в Испанию.
При преемниках Колумба положение индейцев не улучшилось. Им приказали четыре раза в год платить испанцам налог золотом и хлопком. Тех, кто не хотел или не мог платить налог, обращали в рабство. Индейцы начали убегать в горы, где их ловили с собаками. Что касается миссионеров, они, судя по всему, ограничивались тем, что брали на христианское воспитание сыновей некоторых индейских вождей. В 1503 году из Испании поступило предписание, что индейцы должны жить в своих деревнях и что в каждой из них должен быть представитель испанской власти и священник. В некоторых местах это указание было исполнено. Но затем работоспособных индейцев начали отправлять на золотые прииски и держать там месяцами без связи с семьями. В конце концов принудительный труд, завезенные испанцами болезни и массовые самоубийства уничтожили большинство коренного населения. То же самое происходило в Пуэрто-Рико, на Кубе, Ямайке и на других более мелких островах.
Недостаток индейской рабочей силы вынудил испанцев ввозить чернокожих рабов. Первые из них прибыли из Испании в 1502 году, но еще в течение нескольких лет дешевизна индейской рабочей силы сдерживала распространение рабского труда чернокожих. В 1516 году Лас Касас, озабоченный положением индейцев, предложил ввозить рабов из Африки. Вскоре он отказался от этой идеи и стал защитником не только индейцев, но и негров. Но к 1553 году были уже завезены десятки тысяч рабов из Африки. Показательно, что немногие возражавшие против этого богословы исходили не из принципиального несогласия с применением рабского труда, а руководствуясь тем, что им непонятно, как при этом должны распределяться доходы. Как бы там ни было, происходившее на Карибских островах повторялось и в других испанских колониях. Там, где индейцев становилось мало, их место занимали рабы из Африки. Вплоть до наших дней в тех местах, где индейское население резко сократилось в XVI веке, негров остается больше.
