Когда одно и тоже технологическое оборудование используется для переработки как органического, так и неорганического сырья, возрастает риск контаминации органической продукции и смешивания с обычной. Несомненно, лучший способ довести до минимума такой риск – это использовать для обработки органической продукции исключительно одни и те же производственные линии (физическое разделение). Однако это не всегда возможно. Поэтому при использовании одного и того же технологического оборудования для переработки обычного и органической сырья следует проводить меры по соответствующему разделению производственного процесса и очистке. Для этого, сначала следует проанализировать все ситуации и процессы, наиболее подверженные риску смешивания. Затем предпринять меры по предотвращению контаминации, например, такие как частичная очистка, системная очистка. Эти меры должны быть согласованы с органом инспекции. Осуществление процедур очистки должно соответственно документироваться для целей будущей проверки.
Расходы, связанные с раздельной переработкой органического и обычного сырья можно довести до минимума путем оптимального планирования процесса обработки во времени. Например, после регулярно проводимой общей очистки в конце недели, следующую неделю следует начинать с производства органических продуктов.
Еще одним источником риска является контаминация органической продукции в результате мероприятий по борьбе с вредителями, проводимых компанией для защиты своей обычной продукции. Особое внимание следует уделять предотвращению контаминации веществами, добавляемыми в обычную продукцию для её сохранения при помещении в транспортирующие устройства (например, винтовые конвейеры) или используемые для обработки складских помещений. И в этом случае следует определить конкретные риски и предпринять необходимые меры по предотвращению контаминации, что тоже подлежит документированию. Компании, занятые обработкой как органической, так и обычной продукции, должны ориентировать все свои системы борьбы с вредителями на критерии органического производства. Для этого, они должны рассматривать и проводить санитарно-профилактические мероприятия, обучать свой персонал, исключать структурные недостатки и осуществлять строгий контроль на входе предприятия. Необходимо проводить мониторинг вредителей культурных сельскохозяйственных растений, используя приманки и ловушки, а также использовать физические (а не химические) средства борьбы с вредителями при возникновении необходимости.