По мере увеличения использования генетических технологий и генетически модифицированных растений, особенно в странах за пределами Евросоюза, эта группа рисков приобретает все большее значение. В этом отношении, основной риск приходятся на первичное производство сельскохозяйственных семян, производство ГМ культур на смежных полях, используемый фураж, а также кормовые добавки для животных.
При использовании семян культур повышенного риска, таких, например, как соя, хлопок и кукуруза, необходимо особенно обезопасить себя от риска использования генетически модифицированных семян. Среди возможных мер безопасности – приобретение сертифицированных органических семян, полученных без использования генетических технологий, или выращивание собственного семенного материала. Кроме того, в течение всего процесса необходимо исключить риск загрязнения или смешивания органического семенного материала с обычным и, следовательно, по всей вероятности, с генетически модифицированным материалом. При использовании сельскохозяйственного оборудования (сеялки, уборочные и очистные машины) в хозяйствах, сочетающих как органическое, так и обычное производства, кроме безошибочной идентификации рассматриваемой продукции, необходимо очищать оборудование. Постоянный лабораторный анализ и использование так называемых быстрых тестов имеют большое значение, чтобы обезопасить производственные цепочки или линии от рисков, связанных с генной инженерией.
Лабораторные анализы и ускоренные лабораторные тесты играют важную роль в контроле загрязнения органических культур трансгенами из родственных ГМ культур. Если поля органических культур расположены рядом с полями ГМ культур, необходимо соблюсти минимальное расстояние между двумя производственными полями. Это является основным условием для максимального сокращения риска загрязнения органических полей переносимых ветрами пыльцой и случайными растениями из посевов и дикорастущих популяций. Минимально рекомендуемое расстояние меняется в зависимости от культуры: для максимального исключения загрязнения, предлагаемое безопасное расстояние для сои составляет пятьдесят метров, для кукурузы – несколько сот метров, а для рапса – несколько километров. Другие барьеры, такие как живые изгороди и лесистая местность, могут тоже сократить риск загрязнения ГМО. Часто, для соблюдения минимально безопасных расстояний в зонах риска, необходимо обеспечить долгосрочное планирование, а также заключение договоров с фермерами, занятых обычным производством. Иногда, близость обширных площадей, засеянных ГМ культурами, делает невозможным ведение параллельного органического земледелия из-за повышенного риска загрязнения ГМО. В качестве примера можно привести невозможность культивирования органического рапса в ряде районов на севере Канады.
Даже среди средств защиты растений, разрешенных для использования в органическом сельском хозяйстве, есть препараты, которые могут быть приготовлены не только с использованием обычных технологий, но и с помощью ГМО (например, препарат Bacillus thuringiensis); последние, таким образом, не могут использоваться в органическом производстве. Поэтому, в этой связи важно, что бы производитель/продавец предоставил определенные доказательства не использования им продуктов генной инженерии.