Правовая основа создания Федерального фонда компенсаций установлена ст. 133 БК РФ

Федеральный фонд компенсаций образуется в составе федерального бюджета в целях предоставления субвенций на исполнение расходных обязательств субъектов РФ или муниципальных образований, финансовое обеспечение которых в соответствии с Федеральным законом от 6 октября 1999 г. № 184–ФЗ «Об общих принципах организации законодательных (представительных) и исполнительных органов государственной власти субъектов Российской Федерации» либо Федеральным законом от 6 октября 2003 г. № 131–ФЗ «Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации» осуществляется за счет субвенций из федерального бюджета. Субвенции из Фонда распределяются между субъектами РФ в соответствии с методикой, утверждаемой Правительством РФ.

Общий объем Фонда и его распределение по видам расходных обязательств, а также распределение субвенций из Фонда между субъектами РФ утверждаются федеральным законом о федеральном бюджете на очередной финансовый год при рассмотрении его в третьем чтении.

Субвенции из Фонда зачисляются в бюджет субъекта РФ и расходуются в порядке, установленном федеральными законами и принятыми в соответствии с ними нормативными правовыми актами Правительства РФ.

Субвенции из Фонда на исполнение отдельных расходных обязательств муниципальных образований предоставляются местным бюджетам через образуемые в составе бюджетов субъектов РФ региональные фонды компенсаций и расходуются в порядке, установленном федеральными законами, нормативными правовыми актами Правительства РФ и нормативными правовыми актами субъектов РФ.

Субвенции из Фонда распределяются между всеми субъектами РФ по единой для соответствующего вида субвенций методике пропорционально численности населения, потребителей соответствующих бюджетных услуг, лиц, имеющих право на получение трансфертов населению, другим показателям с учетом объективных условий, влияющих на стоимость предоставления бюджетных услуг. При распределении субвенций из Фонда использование показателей, характеризующих собственные доходы бюджетов субъектов РФ или местных бюджетов, не допускается.

Методика распределения субвенций из Фонда представляется Правительством РФ в составе документов и материалов, вносимых в Государственную Думу одновременно с проектом федерального закона о федеральном бюджете.

Порядок перечисления субвенций из Фонда в бюджеты субъектов РФ устанавливается федеральным законом о федеральном бюджете на очередной финансовый год или принятым в соответствии с ним нормативным правовым актом Правительства РФ. Расходование субвенций, предоставляемых из Фонда, осуществляется через счета, открытые в органах Федерального казначейства.