При дальнейшем пребывании в Архипелаге нашему флоту необходимо было иметь удобный порт и адмиралтейство. Граф Орлов, убедившийся тяжелым опытом в невозможности прочного утверждения в каком-нибудь прибрежном пункте на материке, решился избрать для этого один из островов Архипелага. При выборе порта главнейшим образом принималась во внимание возможность тесной блокады Дарданелл, которая, прекращая подвоз съестных припасов из Архипелага, должна была произвести в Константинополе голод и тем способствовать организации народного восстания. Чтобы соединить прочное утверждение в водах Архипелага с удобством блокады Дарданелл, решено было занять порт Мудро (св. Анны), находящийся на обширном и плодородном острове Лемносе, лежащем не в дальнем расстоянии от входа в Дарданельский пролив. Оставив Эльфинстона с тремя кораблями, двумя фрегатами и пинком при блокаде пролива, Орлов с эскадрой Спиридова приступил к осаде главной крепости острова Лемноса. Но когда после усиленной бомбардировки гарнизон ее уже готов был сдаться, одно непредвиденное обстоятельство совершенно изменило благоприятный ход дела. Эльфинстон, потребованный Орловым для переговоров; отправился к нему на корабле Святослав и, подойдя к Лемносу, на восточном рифе его стал на мель, с которой при всех усилиях не мог сняться. Пересев на другой корабль и оставя один из своих фрегатов у разбивающегося корабля, Эльфинстон этим до того ослабил блокаду Дарданелл, что турки успели перевести на Лемнос значительные силы, заставившие Орлова прекратить осаду крепости и удалиться от Лемноса. По невозможности овладеть вблизи Дарданелл другим удобным для нашего флота портом, главнокомандующий выбрал порт Аузу, находящийся на небольшом острове Паросе, лежащем в южной части Архипелага, не занятой турками. Здесь было менее опасности от нападения неприятеля; но зато удаление Пароса от Дарданелл делало весьма затруднительным поддержание постоянной, тесной блокады пролива. С этого времени в Аузе сосредоточилась вся распорядительная и портовая деятельность нашего Архипелагского флота и устроено адмиралтейство, в которое изобильные запасы леса доставлялись с большого острова Тассо, лежащего в северной части Архипелага, близ румелийского берега.
Утвердясь в Аузе, флот наш продолжал поддерживать, хотя довольно слабо, блокаду Дарданелл, рассылал крейсеры для уничтожения неприятельской торговли в Архипелаге и отправлял отряды судов с десантными войсками для разорения в приморских пунктах турецких магазинов, адмиралтейств и верфей, а также для взятия крепостей и уничтожения и захвата военных и купеческих судов. Эти нападения кроме нанесения материального вреда неприятелю наводили страх на жителей, осязательно показывая им могущество России, и вместе с тем служили полезными диверсиями, отвлекающими от дунайской неприятельской армии значительные силы для защиты берегов Архипелага. Одним из следствий утверждения нашего на Паросе было принятие подданства России жителями всех небольших лежащих в середине Архипелага островов от Тассо до Кандии.
Архипелагский флот пополнялся судами, присылаемыми из Балтики, купленными и нанятыми в Англии, призами, обращенными в военные суда, и судами греческих арматоров. В продолжение трех лет, с исхода 1770 по конец 1773 года, из Балтийского моря в отрядах контр-адмиралов Арфа и Грейга и капитана Коняева в Архипелаг пришло 10 кораблей и 2 фрегата. Таким образом, еще летом 1771 года численность Архипелагского флота доходила до 50 вымпелов, в числе которых было 10 линейных кораблей, 2 бомбардирских, около 20 фрегатов разной величины, имевших от 16 до 24 пушек, 4 пинка, 1 пакетбот и 11 поляк и шебек, имевших от 12 до 20 пушек и фалконетов калибром от 1/2 до 14 фунтов. В числе капитанов судов были славяне и греки, из которых наиболее выдавались своими подвигами Иван и Марк Войновичи, двое Алексиано, Ризо, Псаро и другие.
Более замечательным подвигом нашего флота в Архипелаге в 1771 году было нападение на остров Мителин эскадры из 15 судов под начальством самого главнокомандующего, с которым были Спиридов и Грейг. При этом нападении на Мителине разорено адмиралтейство и сожжены на стапелях почти оконченные постройкой два 74-пушечные корабля и одна галера. В 1772 году Марком Войновичем с 16-пушечным фрегатом под стенами крепости Лагос взяты 3 и истреблены 6 турецких судов с грузом. Отрядами генеральс-адъютанта Ризо и лейтенанта Псаро, посланными к берегам Сирии, освобожден от турецкой осады город Сидон, находившийся во владении египетского паши. Потом взят город Бейрут, причем захвачено 10 судов и получена контрибуция, равная годовой подати, платимой городом султану. Но самым значительным делом этого года было истребление близ Лепантского залива, в двух сражениях, капитаном Коняевым и Марком Войновичем с отрядом из 3 кораблей, 2 фрегатов и 3 мелких судов 8 турецких фрегатов и 8 мелких судов, принадлежавших к эскадре, готовившейся сделать нападение на порт Аузу. Самым южным пунктом, до которого в этом году доходили наши крейсеры, были устья Нила, где у крепости Дамиеты лейтенантом Алексиано истреблены два турецких судна. В 1773 году сделано также несколько удачных нападений на турецкие берега, но было одно и особенно несчастное близ крепости острова Станко. Здесь, при нападении превосходных сил неприятеля, бывшие в десанте албанцы и славяне обратились в бегство, и оставленный ими отряд русских, при трудном отступлении, должен был бросить все бывшие в десанте орудия и потерял значительное число убитыми и ранеными. Особенно успешны были в этом году действия отрядов Кожухова и Войновича при берегах Сирии, где у Бейрута собрался значительный отряд наших фрегатов и мелких судов. Овладев Бейрутом, русские передали его местным жителям – друзам, удержав бывшие в городе две полугалеры, пушки, все оружие и, кроме этого, получив от князя друзов 300 тысяч пиастров.
