В следующем 1789 году, кроме Дуная и Черного моря, по примеру прежней войны предполагалось действовать на Турцию и со стороны Архипелага. Для исполнения этого еще весной 1788 года послан был в Италию генерал-поручик Заборовский с некоторыми агентами для подготовления восстания христианского населения Турции, набора в русскую службу нескольких тысяч славян и греков и снаряжения отряда корсарских судов. Главнокомандующим морскими и сухопутными силами в Архипелаге назначен вице-адмирал Грейг, который с сильной, вооружающейся в Кронштадте, эскадрой должен был итти в Средиземное море. Но открывшаяся война со шведами помешала отправлению эскадры Грейга и остановила набор войск среди христианских народов, подвластных Турции. Таким образом, морская деятельность наша со стороны Архипелага ограничилась только снаряжением корсарских судов. Одни из них составляли собственность греческих и славянских моряков, другие вооружены были на счет русского правительства. Все суда имели русские флаги; экипажи их, состоявшие из местных жителей, носили русскую военную форму, а капитаны и офицеры получили русские чины. В полную добычу корсаров предоставлялись суда турецкие и шведские, и строго воспрещалось нападение на суда нейтральных наций, исключая случаев явного подозрения в провозе военной контрабанды. Две корсарские эскадры, снаряженные в Триесте и Сиракузах, в марте 1789 года явились у входа в Дарданеллы. Одной из них начальствовал грек Ламбро Качони, отличавшийся необыкновенной храбростью еще в прошлую войну и получивший за свои подвиги чин майора. Другой же эскадрой, состоящей из судов, вооруженных правительством, командовал старый мальтийский капитан Лоренцо Гильгельмо, бывший пират и жесточайший враг турок. В русскую службу он принят был с чином подполковника или капитана 2-го ранга. Экипажи судов состояли из опытных храбрых моряков, готовых из-за богатой добычи на самые рискованные предприятия. Корсарские суда, несмотря на свои малые размеры и слабую артиллерию, наносили значительный вред, неприятелю. Нападая на суда, идущие в Константинополь, корсары значительно затрудняли доставление в столицу съестных припасов и заставляли население чувствовать тяжесть войны. Они разоряли прибрежные селения, и один раз Ламбро Качони взял даже маленькую крепость Кастель-Россо. Захватывая и истребляя купеческие суда, корсары при удобном случае решались вступать в битву даже с военными турецкими судами, так например, эскадра Гильгельмо, состоявшая из 9 судов, между островами Зео и Сира вступила в сражение с неприятельским отрядом (из 3 кораблей, 2 полугалер и 5 кирлангчей) и принудила турок к отступлению. Вообще корсарские суда часто тревожили неприятеля, вредя торговому движению в Архипелаге. Разоряя прибрежные селения, они заставляли турецкое правительство для охраны своих берегов держать значительные отряды сухопутных войск и военных судов, чем отвлекали их от Дуная и Черного моря.
Новый турецкий султан Селим III, вступивший на престол по кончине султана Абдул-Гамида, недовольный действиями капитан-паши Эски-Гассана, назначил на его место любимца и совоспитанника своего, почти юношу, Гуссейна. Заботясь о скорейшем пополнении флота новыми судами, Гуссейн ранней весной отправил эскадры для охранения берегов к Синопу и Варне, но они не помешали нашим крейсерам истребить несколько турецких судов близ устьев Дуная и опустошить берег около Кюстенджи. Турецкий флот показывался у берегов Крыма и простоял некоторое время у Днепровского лимана, но, помня прежние неудачи, не решился сделать попытку к атаке нашего флота. В начале сентября появление Севастопольского флота заставило турок удалиться в море и дало возможность Войновичу перейти из лимана в Севастополь с эскадрой из четырех вновь построенных кораблей, 10 фрегатов (от 50 до 20 пушек), одного бомбардирского и нескольких мелких судов. Этою же осенью из Таганрога приведены в Севастополь два новые корабля, и Войнович доносил Потемкину: «Теперь турецкий флот, кажется, имеет с кем поговорить на Черном море».
При некотором затишьи морских военных действий наши сухопутные армии, действующие в союзе с австрийцами, одержали блистательные победы. Суворов разбил турок при Фокшанах и Рымнике, князь Репнин, вступивший в командование армией вместо Румянцева, одержал победу при реке Сальче, и Потемкин занял Кишинев и Аккерман, отрезанный флотилией от помощи с моря. Военные действия этого года закончились взятием Бендер. В продолжение всей кампании для содействия сухопутным войскам на Дунае находился отряд Лиманской флотилии под начальством капитана Ахматова.
