Опричнина

1565 — 3 января из Александровской слободы царь присылает грамоту об оставлении Москвы. 5 января он принимает депутацию москвичей, через которую дума и высшее духовенство предоставили ему чрезвычайные полномочия. Иван Грозный соглашается вернуться в Москву, но на особых условиях: он учреждает особый двор и особое войско. Так была учреждены «опричнина» и «опричный двор». Вся территория России делится на опричнину и земщину, с отдельными государственными структурами и войсками. Землевладельцы с территории опричнины выселяются в земщину, в том числе в новоприсоединённые казанские земли. В 1569—1570 происходит Новгородский погром.

1571—1572 — Русско-крымская война.

Весной 1571 года хан Крыма Девлет I Герай, выступивший союзником польского короля, со 120-тысячным войском совершает опустошительное вторжение в пределы Русского государства и в мае сжигает Москву. Хан требует от Ивана Грозного восстановления независимости Казанского и Астраханского ханств и возвращения на казанский трон представителей династии Гераев. Однако в 1572 году, во время нового похода, его войска были разбиты русскими войсками во главе с Михаилом Воротынским в сражении при селе Молоди. Многократные вторжения крымцев в пределы России и угроза Поволжью оказывают существенное влияние на развитие и неудачный исход для Русского государства Ливонской войны.

В военном конфликте с крымским ханом опричнина показывает свою полную несостоятельность (опричники не явились на мобилизацию практически в полном составе). Это послужило поводом для её отмены в 1572 году.

Борьба против кочевников

В начале XVI века «дикая степь» начиналась южнее старой Рязани на Оке и за Ельцом на Быстрой Сосне, притоке Дона. Если в конце XV века Крымское ханство выступало союзником Москвы в борьбе против Великого княжества Литовского и Русского и Большой Орды, то после ликвидации Большой Орды (1502) у Московского государства и Крымского ханства возникла общая граница, и начались крымские набеги на русские земли.

Крымские татары владели в совершенстве тактикой набегов, выбирая путь по водоразделам. Главным из их путей к Москве был Муравский шлях, шедший от Перекопа к Туле между верховьями рек двух бассейнов, Днепра и Северного Донца. Углубившись в населенную область на 100—200 километров, крымцы поворачивали назад и, развернув от главного отряда широкие крылья, занимались грабежом и захватом людей. Пленники продавались в Турцию и даже в европейские страны. Крымский город Кафа был главным невольничьим рынком.

Ежегодно Москва собирала весной до 65 тысяч ратников, чтобы они несли пограничную службу на берегах Оки до глубокой осени. Для защиты страны применялись укрепленные оборонительные линии, состоящие из цепи острогов и городов, засек и завалов. На юго-востоке древнейшая из таких линий шла по Оке от Нижнего Новгорода до Серпухова, отсюда поворачивала на юг до Тулы и продолжалась до Козельска. Вторая линия, построенная при Иване Грозном, шла от города Алатыря через Шацк на Орёл, продолжалась до Новгорода-Северского и поворачивала к Путивлю. При царе Фёдоре возникла третья линия, проходящая через города Ливны, Елец, Курск, Воронеж, Белгород, Оскол. Первоначальное население этих городов состояло из казаков, стрельцов и других служилых людей. Большое количество казаков и служилых людей находилось в составе сторожевой и станичной служб, что наблюдали за движением крымцев и ногаев в степи.

Ежегодно тысячи людей, живущих в пограничье, становились жертвой набегов, и десятки тысяч ратников направлялись на охрану южных рубежей, что являлось тяжким бременем для государства и мешало его социально-экономическому развитию. Набеги кочевников препятствовали хозяйственному освоению южных регионов страны, где почвы лучше, а сельскохозяйственный сезон продолжительнее, чем в северных регионах. Были фактически перерезаны старинные торговые пути, соединяющие Россию с регионами Чёрного и Каспийского морей.