Успенский собор как и вся Москва сильно пострадала во время войны 1812 года. Пожар, начавшийся в Москве 2 сентября в самый день вступления французов в Москву и продолжавшийся до 8 сентября истребил почти три четверти московских зданий. Кремль уцелел от пожара, хотя опасность загореться была настолько велика, что посклившийся в нем со своей гвардией Наполеон должен был на время оставить его. Но что пощадил огонь, то не пощадил неприятель.
Многие ценности были вывезены из Москвы. В распоряжении управляющего московской митрополией преосв. Августина находилось 300 подвод. Вместе с патриаршей ризницей были вывезены и основные святыни Успенского собора: иконы Владимирской Божией Матери, риза Господня, Корсунские кресты и ряд других предметов. Владимирская и Иверская иконы были направлены во Владимир, а Патриаршая ризница - в Вологду. Однако в Успенском соборе оставалось еще много ценностей. Так незадолго до начала войны (в 1790 г.) московский купец Семен Васильев сделал в собор серебряную вызолоченную одежду на престол и несколько риз на иконы, всего на 68 623 р. 50 коп. Некоторые из икон были украшены драгоценными камнями и жемчугом. В паникадиле, висевшем между патриаршим и царскими местами и сделанном в Венеции по заказу боярина Морозова в 1660 г. было всего свыше 60 пудов серебра. Раки святителей московских Петра, Ионы и Филиппа были покрыты серебряными досками. Все это было похищено, осталась только рака св. митрополита Ионы и часть риз на иконах, находящихся на третьем ярусе иконостаса с правой стороны. По этим остаткам были впоследствии восстановлены ризы и на прочих иконах.
Кроме разграбления собора французы совершили и осквернение его. Так они устроили посреди собора горн, в котором переплавляли ризы с икон и пережигали священные парчевые облачения. Снявши дорогое паникадило они повесили на крюк, на котором оно висело, весы, и взвеишвали на них получавшиеся от плавки слитки золота и серебра. После их ухода на одном из столпов собора была анйдена надпись, гласившая, что в Успенском соборе наполеоновскими солдатами было переплавлено всего 325 пудов серебра и 18 пудов золота.
Кроме того в соборе было устроены стойла для лошадей. Иконы в большинстве случаев оказались исцарапанными, некоторые - со вбитыми в них гвоздями, так что иконописцам впоследствии пришлось возобновлять 375 икон. Вся стенопись собора, которая была произведена в конце XVIII столетия, была испорчена копотью от костров, с помощью которых неприятель обогревал собор, еще не имевший печей, и летевший из горна изгарью от пережигавшихся парчевых облачений.
Вошедшие в Кремль русские войска (первым вошел полк князя Шаховского) нашли в соборе кучи навоза и гниющих овощей, заколоченные досками царские врата, расцарапанные и лишенные глаз лики образов. Тела митрополитов Ионы и Петра были выброшены из рак.
Насколько было велико опустошение собора видно из того, что на ео возобновление (в докладе преосв. Августина значится: "и других соборов", но о других соборах упоминается далее отдельно) издержано было 192 135 р. 54 коп. Захватчикам, впрочем, не удалось увезти всю свою добычу: 52 фунта серебра, отбитого М.И. Кутузовым и И.Ф. Кампиони пошли на возобновление раки митрополита Филиппа. А нынешнее паникадило - большой соборный светильник весом 328 кг - отлито из серебра, отбитого казаками.
2-го февраля 1818 года для Успенского собора были установлены новые штаты, по которым священно- и церковно-служители стали получать следующее содержание: протопресвитер - 2000 р., сакелларии по 950 р., четыре пресвитера по 850 р., протодьякон 1000 р., 4 дьяклна по 750 р. псаломщики и пономари по 150 р. В 1822 г. Император Александр I даровал некоторым служителям дополнительное содержание: сакеллариям "как хранителям Ризы Господней и святыни собора вообще" и двум пресвитерам, приставленным к мощам св. Петра митрополита по 250 р., псаломщикам и пономарям по 150 р. Эти штаты просуществовали более 75 лет и только в самом конце XIX века, 30 мая 1894 г. были Высочайше утверждены, а с 1 января 1895 г. введены в действие новые штаты Успенского собора, по которым протопресвитер стал получать 3000 рублей, первый сакелларий 2000 р., второй сакелларий 1800 р., семь пресвитеров и протодьякон по 1500 р., пять дьяконов по 1000 р. и два пономаря по 600 р.
В 1856 г. в соборе устроили отопление. В связи с этим западное крыльцо собора превратили в закрытый тамбур, а во время подготовки к коронации в 1896 г. Николая II сделали новые металлические переплеты и дубовые двери по рисунку известного архитектора К.М. Быковского. Коронация Николая II 14 мая 1896 года оказалась последней коронацией в Успенском соборе. В соборе Николая и его супругу Александру Федоровну ждало тронное место, обитое малиновым плюшем; император пожелал короноваться на престоле Михаила Федоровича, основателя династии Романовых, а для супруги выбрал обложенный костью трон, по преданию принадлежавший Ивану III - строителю Успенского собора. Корону государю передал митрополит Палладий в тот момент, когда Николай возложил ее на голову грянули пушки и зазвониил колокола. Коронационные торжества продолжались несколько дней; к сожалению они ознаменовались не только праздниками, но и Ходынской катастрофой.
В 1817 - 1819 гг. ежегодный доход Успенского собора равнялся приблизительно 10 000 р. (Из них примерно половину давала продажа свечей. Доход от продажи свечей вырос с 1000 р. в начаел XIX в. до 5 000 р.). Такой суммы было более чем достаточно для удовлетворен7ия различных нужд собора, часть сумм оставалось и в 1819 г. часть этих остатков (14 788 р. 87 с половиной коп.) была истрачена с разрешения Синодальной конторы на устройство серебряных лампад перед местными иконами. (До 1812 г. перед местными иконами висело 10 серебряных лампад, в 1812 г. они были похищены французами и вместо них были повеешны 10 медных посеребренных. В 1819 г. пять из этих лампад были заменены серебряными.)
В начале XIX века в соборе вводится институт церковных старост. Постановление Св. Синода о введении этого института в соборе состоялось в начале 1812 г., но к практическому осуществлению приступили только через пять лет. Первоначально старосты Успенского собора выбирались московским городовым магистратом из среды купцов или мещан. Избранное магистратом лицр утверждалось ("определялось на должность") московской Синодальной конторой, которая предварительно осведомлялась, согласны ли протопресвитер и сакелларии, чтобы это лицо было старостой. Утверждение могло состояться лишь при получении такого согласия. Староста Успенского собора, подобно другим церковным старостам, выбирался на три года. По истечении этого срока он мог быть оставлен на второе трехлетие, если только протопресвитер и сакелларии находили, что он полезен для собора. Первым старостой Успенского собора 29 января 1817 г. стал московский 2-й гильдии купец Сергей Федорович Болдырев. После упразднения Магистрата в середине 60-х годов XIX столетия право избрания старост перешло к Московской городской Думе. В обязанности старост входило заведование церковным хозяйством собора совместно с сакеллариями под высшим наблюдением протопресвитера.
