Создатели теории подвергают сомнению как теоретические основания дендрохронологии, так и корректность конкретных датировок, проведённых с её помощью. Они утверждают на основании работ 15-летней давности, что метод не может использоваться для датировки европейских артефактов, поскольку возраст самых долгоживущих деревьев не превышает 300—400 лет, непрерывные перекрестные шкалы для всего исторического времени не созданы, а сам дендрохронологический анализ подвержен субъективизму.
Один из самых интересных и разработанных районов дендрохронологических исследований на территории России — район Новгорода Великого. «Новая хронология» отвергает дендрохронологические результаты Б. А. Колчина и Н. Б. Черных[28], которые в начале 70-х годов XX века составили шкалу для Новгорода и других северных русских городов на основании исследования ширины годовых колец деревьев из раскопанных мостовых и других объектов. Фоменко и Носовский полагают, что новгородская шкала была искусственно приближена к априорным датировкам[29]. Археологи и палеографы опровергают эти голословные обвинения, отмечая, что Новгородская дендрошкала основана на обработке миллионов измерений 12 тысяч стволов деревьев, протянута от IX века до нашего времени, и с её использованием уже выполнено более 7000 достоверных датировок[30].
