Общенаучная

Критики «Новой хронологии» отмечают^[3][22], что она противоречит фундаментальному требованию ко всякой теории и гипотезе, претендующей на научность: такая теория или гипотеза не должна противоречить данным иных областей науки^[41]. Между тем, претендуя на пересмотр выводов исторической хронологии, «Новая хронология» фактически полностью отвергает данные: филологии, лингвистики, археологии, истории искусства, палеографии, нумизматики, астрономии и т. д. Критики заявляют^[17][42], что для объяснения некоторых отдельных фактов (в первую очередь, противоречий с существующими датировками астрономических явлений) она требует отбросить научные теории, описывающие чрезвычайно широкий круг наблюдаемых явлений, не предлагая собственного приемлемого объяснения, и, таким образом, в своём нынешнем виде подпадает под определение лженауки. Для того, чтобы профессиональное научное сообщество приняло «Новую хронологию» в качестве гипотезы, её сторонникам придётся обеспечить приемлемое истолкование всех опирающихся на хронологию суждений, а также объяснить противоречия «Новой хронологии» с общепринятыми концепциями в самых разных областях науки.

Ряд критиков указывали на внутренние противоречия «Новой хронологии». Например, основываясь на статистическом анализе, А. Т. Фоменко датирует некоторые события одним веком, а приводимые им астрономические реконструкции указывают на другой век. Многие пары исторических личностей, отождествляемые А. Т. Фоменко как одно лицо, имеют в исторических источниках взаимоисключающие параметры (например, Соломон был царём Израильско-Иудейского царства, по Библии, 40 лет, а Юлий Цезарь диктатором Римской республики — 4 с половиной года).

Настороженность ряда профессиональных учёных вызывают слишком часто встречающиеся в работах группы Фоменко объяснения фактов, не укладывающихся в их теорию, позднейшими намеренными фальсификациями^[42]. Несмотря на то, что фальсификация исторических источников, в принципе, не является невероятной, постоянная эксплуатация этого тезиса придаёт «Новой хронологии» черты «теории заговора»^[43], что отрицательно сказывается на доверии к ней. Кроме того, критики отмечают, что масштабы предполагаемой фальсификации очень велики: она должна была охватить практически все страны Старого Света и вовлечь большое количество участников, ни один из которых не проговорился о своей деятельности ни словом. Между тем, в XVI—XVIII веках, когда, согласно «Новой хронологии», осуществлялась данная фальсификация, политические и религиозные условия в Европе не позволяли провести скоординированную подделку письменных источников, а научные знания той эпохи не позволяли создать подделки такого качества, чтобы они не были замечены наукой XIX—XX вв. Время работы Скалигера и его преемников — это эпоха продолжительных войн в Западной Европе, религиозного раскола между католиками и протестантами и политической борьбы между отдельными государствами; противоборствующие стороны подвергали друг друга острой идейной критике, связанной в том числе и с интерпретацией истории. В этих условиях скоординированная тенденциозная фальсификация (как это нередко предстаёт на страницах работ Фоменко — по предписаниям Рима, католической церкви, стремившейся затушевать реальную историю христианства и «Империи»), давшая одинаковую «длинную» хронологию, например, в протестантских «Магдебургских центуриях» и в последовательно полемических по отношению к ним католических «Церковных анналах» Барония, представляется предельно маловероятной. Например, Скалигер был кальвинистом, сражавшимся против папы с оружием в руках, а Петавиус — иезуитом, защитником католической церкви (в своих трудах Петавиус часто весьма едко отзывался о Скалигере и его научных работах); сотрудниками единого штаба фальсификации они быть не могли.

Ряд критиков обвинял А. Т. Фоменко в антинаучном подходе — применении одних критериев истинности для собственной гипотезы и других для утверждений оппонентов (например, при анализе достоверности исторических документов). Кроме того, по мнению критиков, создатели теории фактически предполагают научную недобросовестность большого круга учёных, применяющих независимые от исторической хронологии методы датировки.

Также отмечается, что в современной количественной методологии социальных наук с большой осторожностью относятся к попыткам установить эмпирическими методами причинно-следственные связи между наблюдаемыми переменными, поскольку статистические взаимосвязи отнюдь не означают причинно-следственную связь. Поэтому, когда исследователи в социальных науках говорят об установлении взаимосвязей между изучаемыми переменными, подразумевается либо общетеоретическое допущение, либо статистическая зависимость.