50 лет спустя, внук Джеральда, злой доктор Эггман, узнал о проекте по созданию сверх-секретного военного оружия, и решил его заполучить. Он проник на Тюремный остров и добрался до капсулы, в которой был заморожен Шедоу. Эггман был шокирован внешним видом Шедоу, поскольку он очень был похож на его врага - ежа Соника. Шедоу пообещал доктору исполнить его жeлание (помочь захватить мир) за своё освобождение. Однако, ведомый ложными воспоминаниями, заложенными Джеральдом, Шедоу хотел отомстить всему человечеству за смерть Марии, которой он якобы это пообещал. Ёж сказал Эггману собирать Изумруды Хаоса и доставлять их на космическую колонию ARK. Там он рассказывает доктору об Эклипс-пушке, которая по его словам, способна уничтожить целую планету. Для её усиления якобы и нужны Изумруды Хаоса. Эггман, Шедоу и присоединившаяся к ним Ружначинают поиск оставшихся Изумрудов. Когда же Эггман заполучает все Изумруды и готовится стрелять, выясняется, что на сомом деле Шедоу лишь манипулировал доктором для того, чтобы активировать созданную Джеральдом программу - космическая колония ARK должна сойти со своей орбиты и столкнуться с Землёй. Пока Соник и остальные пытаются проникнуть к серцевине Эклипс-пушки, чтобы остановить действие Изумрудов Хаоса, Шедоу просто спокойно ждёт столкновения. Эми Роуз просит Шедоу помочь остальным спасти планету от гибели. От этих слов, Шедоу вспоминает настоящую прозьбю Марии - дать надежду человечеству. Осознав, что натворил, он бросается исправлять свою ошибку, помогая Сонику и Наклзу победить Биолизарда, не пропускающего их к Изумрудам. Наклзу удалось остановить действие Изумрудов Хаоса с помощью Мастера Изумруда, и колония перестала приближаться к Земле. Однако, Биолизард, использовав Хаос Контроль, переместился на поверхность колонии и, слившись с Эклипс-пушкой, потянул её к планете. Соник и Шедоу, использовав семь Изумрудов Хаоса, превратились в Супер Соника и Супер Шедоу и вступили в бой с Биолизардом, на сей раз уничтожив его окончательно. После этого, они решили одновременно использовать Хаос Контроль, чтобы переместить колонию на её орбиту. Шедоу использует всю свою силу и, после перемещения колонии, обессиленный падает в атмосферу.
